吃益生菌一定要遵医嘱，不建议长期服用。一些副作用：小孩假如有免疫缺陷，复合益生菌很有可能造成败血症、真败血症及脓毒血症的产生，在其中最严重的病发症是酵母菌真败血症。危重症病症病人的消化道外皮病菌可能发生挪动，倘若病人与此同时有免疫功能损伤则有可能致使感柒;当活跃性病症随着粘膜溃烂或黏膜下层曝露时，运用复合益生菌会致使病菌挪动及原发性败血症风险性提升。
亚急性超重型胰腺炎患者运用复合益生菌不仅不能降低患病率，反倒有可能提升致死率，故复合益生菌不适感用以该类病人。除此之外，急性胆囊炎、粘膜发炎及氧需求提升所致使的肠胃注浆量不够也可能与复合益生菌相关。此外，复合益生菌食用量因人有所不同的，一般成年人每日提议不得超过500ml，儿童可适当喝，一岁里的小孩不建议大量的喝（提议在大夫医生叮嘱下应用最合适）。
复合益生菌类食品或药品可在二餐中间与水果汁、牛乳等同于服。不可以与抗生素类一起服食，间隔时间最少两小时。挑选日期近期带有益生菌的酸牛奶，酸牛奶不可以加温公子，也不能微波加热，不然消灭在其中的乳酸杆菌会丧失原来的养生保健的功效。因此酸牛奶只有冷食，或放温开水中湿热后喝。可是需要注意，针对早产婴儿或是重量尤其低的小孩，或是病况重的小孩，应用复合益生菌要注意点，由于有汇报说她们应用复合益生菌后，这种菌根据肠胃进到血夜，导致了败血症。可是大伙儿不用害怕，绝大部分小孩应用益生菌是安全的。综合性之上，
现阶段觉得，尽管实际效果不明确，不过有一些小孩的确用到后，病症改进较为显著，一般都没有副作用，因此还是可以尝试运用的，万一合理呢。因而，宝宝肠胃不适度，我们应该先让医师掌握小宝宝的状况，以后遵医嘱给小宝宝补充益生菌中药制剂，只需严苛遵医嘱、依照治疗过程服食，对孩子的健康是并没有负面影响的。父母需要注意的是，不要把复合益生菌中药制剂以一种食疗的方法给小宝宝服食，复合益生菌中药制剂中毕竟是带有食品添加剂的，并且也需要尽量减少自主给小宝宝服用益生菌中药制剂，也不要私自增加服食时长。最好遵从医师的指导建议开展服食。
据国家卫计委发布的《可用于婴幼儿食品的菌种名单》，可食用的益生菌有7大菌种9个菌株，包括嗜酸乳杆菌、动物双歧杆菌、鼠李糖乳杆菌、乳双歧杆菌、罗伊氏乳杆菌、发酵乳杆菌、短双歧杆菌。最后，在选择的时候要注意这些因素：菌株，活菌数量，添加剂等。尽量选择国家规定的菌种，活菌数量高，添加剂越少的产品。