员工擅自离开岗位扣全勤奖是不合理的。
全勤奖是公司的一种奖励措施，是针对员工出勤表现而设立的，与员工离职无关。如果员工擅自离开岗位，用人单位可以根据公司规定和劳动合同约定进行处理，但不能随意扣除员工的全勤奖。
根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位可以在以下情况下扣除员工的工资或奖金：
员工违反公司规定，导致企业遭受经济损失的情况下可以扣除部分工资。
用人单位与员工在签订劳动合同时约定可以扣除的部分工资。
如果员工因为违反公司规定而被开除、解雇或者主动辞职，用人单位可以根据合同约定或者公司规定扣除一定比例的工资作为违约金。
在员工旷工、迟到、早退、请假等情况下，用人单位可以按照公司规定扣除相应的工资。
总之，如果用人单位没有事先告知员工并取得其同意，随意扣除员工的全勤奖属于违法行为。如果员工认为自己的全勤奖被扣除是违法的，可以向所在地劳动监察部门投诉举报，维护自己的权益。