皇帝是军队的最高统帅；
清朝先后有8支武装力量：
八旗兵、绿营兵、
湘军、淮军、防军、练军、海军和新军，兵制经历了传统军制（经制兵）到勇营制（湘军、淮军）再到传统军制（防军、练军）到近代军制（近代海军、
新建陆军），装备由冷火器到火器的过程。
清朝管理全国武职官员和军事行政的机关是
兵部。可是清代兵部的职权，比历代都小，并且无权调动和指挥军队。清朝军队主要分为八旗和绿营，兵部所掌管的武职官仅是绿营官，
八旗军的职官和各项事务皆非兵部所辖。兵部的具体职责是：管理绿营武职官员的品级、考选、考核、升转、奖惩、抚恤等；管理全国马政，以及传递文书事务；掌管全国的兵籍及军器；管理关禁、海禁；还负责武科举事务。
八旗军分为“禁旅八旗”、“驻防八旗”两种。由禁旅八旗中的一部分负责保卫皇宫的亲军营，组成侍卫处，其主要职责是“随侍宿卫”。侍卫处下设：
领侍卫内大臣、御前大臣、内大臣、散秩大臣、侍卫管官。另外，禁旅八旗还设前锋营、护军营、步军营等，负责保卫京师。在京师设
步军统领衙门，“统辖京营，总司缉捕”。此外，还有设置了一些特殊部队，皆系八旗之精锐。例如，火器营、健锐营等，一并负责担任京畿守卫的任务。
八旗驻防衙门是驻防各省坐镇的八旗官兵的衙门。驻防八旗按各自专城分别设置：将军、都统、副都统、城守尉、防守尉等官。除了上面提及的禁旅八旗和驻防八旗的官员外，还有参赞大臣、办事大臣、领队大臣、协领、总管、总理、参领、佐领等