用基因组DNA做模板进行PCR扩增,设计引物所选序列也用cDNA为模板有什么不同

是用这两个模板做pcr,在设计引物时,设计引物所用的序列有区别么

对绝大多数基因而言,基因组DNA和cDNA差别很大,序列上有内含子的区别。

首先你得明确你要什么,你要的片段在基因组和cDNA中的什么位置。如果仅仅是外显子中的一部分小片段,那用cDNA和基因组DNA设计引物也许没啥差别,但是如果你要的片段跨越了一个外显子,这时候就得分开考虑了。追问

我知道结果上的区别,我是想问在设计引物时,我选择设计引物的原始序列有区别没~~~

追答

这么简单个问题咋还说不明白了。把你要的目的片段还原到基因组中看看具体位置不就知道了?如果在基因组中的位置是外显子中的部分,也许就等同于cDNA,如果跨了内含子区域那就肯定不一样。

追问

说的白点,就是你设计引物不得先找个序列输入到软件中么,我是问这个序列在选择上有区别么,这回明白没~~~

追答

唉,就从来没费过这么大劲。您老还是另请高明吧。

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第1个回答  2013-08-23
如果是用在原核上,没有多大的却别,但是如果用在真核上,cDNA扩增出来的产物就比DNA直接扩增出来的短。因为cDNA是RNA逆转录过来的,而DNA里面除了RNA上面相对的片段还有内含子的片段,在扩增的时候内含子的片段同样能被扩增出来...本回答被提问者采纳
第2个回答  2013-08-24
序列不一样 引物当然不一样 你在cDNA上设计的引物可能在基因组上被内含子隔开了
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