转诊单在网上可以办理。
新农合异地就医必须先进行网上转诊，具体流程如下：
第一步：网上转诊。按"县→市→省→省外"的顺序，依次到定点医院逐级办理网上转诊手续。
第二步：住院。携带身份证、新农合证、新农合转诊单到转诊的上级定点医院办理住院，并主动告知窗口工作人员和医护人员:"我是新农合网上转诊即时结报患者。
第三步：结算。办理出院结算手续时，患者按照报销比例承担个人自付现金部分。
参合患者到市定点医疗机构就医，可以通过市级新农合信息平台实行网上转诊，即时结报。另外，因突发急危重症（急诊住院）或办理异地就医备案，也可以在市级定点医疗机构就医并即时结报。结算时，患者只承担个人自付现金部分。
基本全国各地新农合县外住院都必须开转诊证明，一般要求患者在住院前或住院后3日内办理手续，到参合地县（区）级新农合机构开。 如果是从县医疗机构转出的，由转出医疗机构出具《县外医疗机构转诊申请表》或转诊证明、户口簿（身份证）、合作医疗证、准生证到县（区）级新农合机构审批，审批完到相应的医疗机构住院。 如果直接到县外医疗机构住院，由所住医院出具诊断证明书（住院证）、户口簿（身份证）、合作医疗证、准生证在住院后3日内到本县（区）新农合机构审批，并开具转诊证明，出院后所住医院如果是即时结报医疗机构直接在本院报销，如果不是，则持相关出院报销资料到本县（区）新农合机构报销！
转诊目前不是强制性的，想去哪个医院看病，看哪个科，患者可以直接到相关的医院科室挂号。但是，有些基层医院和上级医院有合作关系，或者想到异地医院看病使用医保，这时可能就需要转诊单，患者可以让主治医生开转诊单。
现在有一些互联网医疗平台（义大夫）可以做异地转诊，比如你想去北京看病，但是不知道找什么专家，就可以到这些平台上去咨询，这些平台都整合一些非常好的医生资源，但是要收费哦。