消毒效果受许多因素的影响，增强或减弱抗菌消毒作用，了解和掌握这些因素，可以指导我们正确进行消毒工作，提高消毒效果。
（1）消毒剂种类
针对所要消毒的微生物特点，选择恰当的消毒剂很关键，如果要杀灭细菌芽孢或非囊膜病毒，必须选择灭菌剂或高效消毒剂如碘制剂或氯制剂、醛类，才能取得可靠的效果，若使用酚制剂或一般季铵盐消毒剂则效果不佳。季铵盐类是阳离子表面活性剂，有杀菌作用的阳离子具有亲脂性，杀革兰氏阳性菌和囊膜病毒效果较好，但对非囊膜病毒就无能为力了。为了取得理想的消毒效果，必须根据消毒对象及消毒剂本身特点科学地进行选择，采取合适的消毒方法才能达到最佳消毒效果。
（2）消毒剂配方
良好的配方能显著提高消毒效果，如季铵盐类消毒剂用70%乙醇配制，比用水配制穿透力更强，杀菌效果更好，酚若制成甲酚的肥皂溶液就可杀死大多数繁殖体型微生物，后来用二甲苯酚和乙基酚代替甲酚，降低了产品的腐蚀性，同时拓宽了应用领域。当然消毒剂之间也会产生拮抗作用，如酚类（石炭酸、复合酚等）不宜与碱类消毒剂混合，阳离子表面活性剂不宜与阴离子表面活性剂（肥皂等）及碱类物质混合，彼此会发生中和反应，产生不溶物质，降低消毒效果。又如高锰酸钾、过氧乙酸等氧化剂与碘酊等还原剂之间可发生氧化反应，不但减弱消毒效果，还会加重对皮肤的刺激性。消毒剂不能随意混合使用，可考虑选择几种产品轮换使用。
（3）消毒剂浓度
任何一种消毒药的消毒效果都取决于与微生物接触的有效浓度，同一种消毒剂的浓度不同，其消毒效果也不一样。通常消毒剂的消毒效果与其浓度呈正比，在配制消毒剂时，要选择有效而又对人畜安全并对设备无腐蚀的杀菌浓度。每一种消毒剂都有它的最低有效浓度，若低于该浓度就会丧失杀菌能力。浓度也不宜过高，过高的浓度往往对消毒对象不利，有的还有腐蚀性、刺激性或毒性；盲目提高使用浓度会造成不必要的浪费，应按照说明书正确使用。
（4）消毒剂作用时间
消毒剂接触病原微生物后，要经过一定时间才能将其杀死，只有少数能立即产生消毒作用，因此，要保证消毒剂有一定的作用时间。消毒剂与微生物接触时间越长消毒效果越好，接触时间太短往往达不到消毒效果。被消毒物上微生物数量越多，灭菌所需时间越长。大部分消毒剂在干燥后就失去消毒作用，溶液型消毒剂在溶液中才能有效地发挥作用。消毒时间长短，主要取决于病原微生物的抵抗力和消毒剂的种类、浓度和温度等。
（5）温度
通常温度升高消毒速度会加快，药物的渗透能力也会增强，可显著提高消毒效果，消毒所需要的时间也可以缩短。一般温度按等差级数增加，则消毒剂杀菌效果按几何级数增加。消毒剂的抗菌效果与环境温度呈正相关，即温度越高，杀菌能力越强。一般规律是温度每升高10℃，消毒效果增强1～1.5倍。消毒剂抗菌效力的测定通常都是在15～20℃气温下进行。许多消毒剂在温度低时，反应速度缓慢，消毒效果就很受影响甚至不能发挥消毒作用。如福尔马林在室温15℃以下用于消毒时，即使用其有效浓度，也不能达到很好的消毒效果，但室温在20℃以上时，则消毒效果很好。
（6）湿度
湿度对许多气体消毒剂的作用有显著影响。这种影响来自两方面：一是消毒对象的湿度，它直接影响微生物的含水量。如用环氧乙烷消毒时，细菌含水量太多，则需要延长消毒时间；细菌含水量太少，消毒效果亦明显降低。二是消毒环境的相对湿度。每种气体消毒剂都有其适宜的相对湿度范围，如甲醛以相对湿度大于60%为宜，用过氧乙酸消毒时要求相对湿度不低于40%，以60%～80%为宜。直接喷洒消毒剂干粉处理地面时，需要有较高的相对湿度，使药物潮解后才能发挥作用。紫外线消毒时，相对湿度增高，反而影响穿透力，不利于消毒处理。
（7）酸碱度（pH）
酸碱度可从两方面影响消毒效果，一是对消毒作用，酸碱度变化可改变消毒剂溶解度、离解度和分子结构；二是对微生物的影响，病原微生物的适宜pH在6～8，过高或过低的pH值有利于杀灭病原微生物。酚类、次氯酸等是以非离解形式起杀菌作用，所以在酸性环境中杀灭微生物的作用较强，碱性环境就差。在偏碱性时，细菌带负电荷多，有利于阳离子型消毒剂作用；而对阴离子消毒剂来说，酸性条件下消毒效果更好些。新型的消毒剂常含有缓冲剂等成分，可以减少酸碱度对消毒效果的直接影响。
（8）表面活性剂和稀释用水水质
非离子表面活性剂和大分子聚合物可以降低季铵盐类消毒剂的作用，阴离子表面活性剂会影响季铵盐类的消毒作用，在用表面活性剂消毒时应格外小心。由于水中金属离子如Ca2+和Mg2+对消毒效果也有影响，在稀释消毒剂时，必须考虑稀释用水的硬度问题。如季铵盐类消毒剂在硬水环境中消毒效果不好，最好选用蒸馏水进行稀释。一种好的消毒剂应该能耐受各种不同的水质，不管是硬水还是软水，消毒效果都不受什么影响。
（9）有机物
消毒现场通常会遇到各种有机物，如血液、血清、培养基成分、分泌物、脓液、饲料残渣、泥土及粪便等，这些有机物的存在会严重干扰消毒剂消毒效果。因为有机物覆盖在病原微生物表面，妨碍消毒剂与病原直接接触而延迟消毒反应，以至于对病原杀不死、杀不全。部分有机物可与消毒剂发生反应生成溶解度更低或杀菌能力更弱的物质，甚至产生的不溶性物质反过来与其他组分一起对病原微生物起到机械保护作用，阻碍消毒过程的顺利进行。同时有机物消耗部分消毒剂，降低了对病原微生物的作用浓度。如蛋白质能消耗大量的酸性或碱性消毒剂，阳离子表面活性剂等易被脂肪、磷脂类有机物所溶解吸收。在消毒前要先清洁再消毒。当然各种消毒剂受有机物影响程度有所不同。对大多数消毒剂来说，当有有机物存在时，需要适当加大处理剂量或延长作用时间。
（10）微生物类型和数量
不同类型的微生物对消毒剂的敏感性不同，而且每种消毒剂有各自的特点，消毒时应根据具体情况科学地选用消毒剂。消毒对象的病原微生物污染数量越多，消毒越困难。对严重污染物品或高危区域，如孵化室等处应加强消毒，加大消毒剂用量，延长消毒剂作用时间，并适当增加消毒次数，这样才能达到良好的消毒效果。
（11）其他因素
消毒物表面的形状、结构和化学活性，消毒液的表面张力、剂型以及在溶液中的解离度等，都会影响消毒剂的活性。
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