（1）化学消毒剂的性质
各种化学消毒剂，由于其本身的化学特性和化学结构不同，故而其对微生物的作用方式也各不相同，所以，各类消毒剂的消毒效果也不一致。
（2）微生物的种类
由于微生物本身的形态结构及代谢方式等生物学特性的不同，其对化学消毒剂所表现的反应也不同。如革兰氏阳性细菌的等电点比革兰氏阴性菌低。所以，在一定的pH下所带的负电荷较多，容易与带正电荷的离子结合。故革兰氏阳性菌较易与碱性染料的阳离子、重金属盐类的阳离子及去污剂结合而被灭活。细菌的芽孢因有较厚的芽孢壁和多层芽孢膜，结构坚实，消毒剂不易渗透进去，所以，芽孢对消毒剂的抵抗力比其繁殖体要强得多。
（3）有机物的存在
当微生物所处的环境中有有机物，如粪便、痰液、脓汁、血液及其他排泄物存在时，所有消毒剂的作用都会大大减低甚至无效，其中以季铵化合物、碘制剂、甲醛所受的影响较大，而石炭酸类与戊二醛所受影响较小。因此，将欲消毒的对象先清洁后再施用消毒剂为最基本的要求。
（4）消毒剂的浓度
在一定的范围内，化学消毒剂的浓度越大，其对微生物的毒性作用也越强。但势必造成消毒成本提高，对消毒对象的破坏也严重，因此各种消毒剂应按其说明书的要求，进行配制。而且有些药物浓度增加，杀菌力却可能下降，如70%酒精的杀菌作用比100%的纯酒精强。
（5）温度、湿度及时间
温度升高可提高消毒杀菌率。大多数消毒剂的消毒作用在温度上升时显著增强，尤其是戊二醛类，但易蒸发的碘剂与氯剂例外，加温至70℃时会变得不稳定而降低消毒效力。许多常用的温和消毒剂，冰点温度时毫无作用。在寒冷时，最好是将消毒剂泡于温水中使用，消毒效果会更佳。熏蒸消毒时，湿度可作为一个环境因素影响消毒效果。用过氧乙酸及甲醛熏蒸消毒时，相对湿度以60%～80%为最好。在其他条件都一定的情况下，作用时间越长，消毒效果越好。消毒剂杀灭细菌所需时间的长短取决于消毒剂的种类、浓度及其杀菌速度，同时也与细菌的种类、数量和所处的环境有关。
（6）酸碱度（pH）
许多消毒剂的消毒效果均受消毒环境pH的影响。如碘制剂、酸类、来苏儿等阴离子消毒剂，在酸性环境中杀菌作用增强；而阳离子消毒剂如新洁尔灭等，在碱性环境中杀菌力增强。另外，pH也影响消毒剂的电离度，一般来说，未电离的分子，较易通过细菌的细胞膜，杀菌效果较好。
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