绩效工资被扣可以申请劳动仲裁，绩效考核应当是企业工资项目中的一个，属于工资的一部分。劳动争议仲裁法规定，用人单位和劳动者因工资发生的争议可以申请劳动仲裁。
【法律分析】
绩效工资被扣，首先要看双方签订的劳动合同中是否有绩效工资发放的标准及时间，其次要看用人单位是否有明确的绩效工资制度，最后要看员工是否符绩效发放条件，如果经审查用人单位确在绩效的发放方式、时间、数额上存有违规行为，仲裁机构可以要求用人单位向劳动者支付绩效工资。劳动仲裁的流程首先是由当事人向劳动争议仲裁委员提交劳动仲裁申请书，劳动争议仲裁委员在收到仲裁申请五日内决定是否受理该申请，符合受理条件的劳动争议仲裁委员会应当在受理申请的五日内，将仲裁申请书副本送达被申请人，然后进行开庭裁决。劳动仲裁应当提交书面仲裁申请，写明双方的基本信息，仲裁请求和所根据的事实、理由，证据和证据来源、证人姓名和住所。发生劳动争议的，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算一年内，当事人有权提起仲裁，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。
【法律依据】
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》 第二条 中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：（一）因确认劳动关系发生的争议；（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；（六）法律、法规规定的其他劳动争议。
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