预算控制有效性的关键一环。建立预算管理程序，包括预算编制程序和预算执行控制程序。预算编制要组织与协调各部门共同进行。预算控制是协调、纠偏过程，不仅涉及面广，而且有个时间过程，先后次序及处理各部门之间关系的规定。程序控制制度的制定旨在避免工作混乱，追求较高的工作效率。
事业单位预算管理的原则
预算管理的原则包括责任制原则、例外管理原则、有效性原则、经济效益原则、动态管理原则。
1.责任制原则
指对负责的工作范围可控制事项负责。如我们把各责任区域的成本划分为可控成本和不可控成本，各责任区域对本区域发生的可控制成本负责。
2.例外管理原则
是要把注意力集中在超乎常情的情况，因为实际发生的情况往往与预算有出入。如发生的差异不大，一般不逐一查明其原因，只把注意力集中在非正常的例外事项。如某一段时间我们发现生产用刀具等用品特别节约，经过核查，是外方管理专家的非程序性采购造成记录的时间差和因非程序性采购造成的工作混乱、数量差错。这是一种不合情理的节约。于是公司重新修正公布了新的采购控制程序，并随时检查该程序的有效性。
3.有效性原则
是指预算编制不要过于繁琐，预算控程序要有可操作性，避免预算管理失效性。
4.经济效益原则
是为控制所费与所得效益相比，后者应大于前者。
总之，在实践中，预算的执行控制是最大的难点。如投资预算从批准预算到预算执行，期间时间跨度大，情况变化复杂，预算执行偏差大，超预算执行必须申请追加预算，有一定的批准程序，否则，预算就没有严肃性。对经营预算要定期调整，因为市场环境在不断变化，内部状况也在不断变化，所以预算管理必须是动态性管理。我们于每年末调整后五年预算，对年度预算的执行控制，于每季度末分析评价本季度预算执行差异，预测调整年度内后各季度预算，编制管理报告书，以指导下一阶段工作。
事业单位预算管理中应注意的事项
预算管理中应注意的问题:
编制足以反映现实的预算，避免预算过于繁琐；
划定预算的控制责任，划清各责任人的实际业绩；
注意防止各部门从本部门出发以预算目标取代企业目标；
预算控制不是对现状本身的控制，而是对发展趋势的控制；
做好预算执行过程中的业绩记录，以便分析比较；
预算责任必须落实到人；
预算控制是激励经理人员的依据，是他们对预防偏差、纠正偏差所采取的措施。
事业单位预算管理的局限性预算管理也有其局
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