床土里的水分是秧苗生活的必要条件。但床土孔隙中水分增多时，空气含量（主要是氧气含量）减少，而土中的空气是秧苗根部进行呼吸作用所必需的。所以床土中水分过多时，秧苗生长不良；而水分过少时，秧苗生长也不好，甚至干瘪、枯死。所以，苗床内水分的管理十分重要。这里就苗床内水分管理的原理和具体操作方法作一介绍。
（1）水分管理的原理 当土壤中的孔隙都被水充满时，它含蓄的水量称为最大持水量。在农业生产上，土壤湿度常用土壤的实际含水量占最大持水量的百分率表示。如茄果类蔬菜秧苗适宜的土壤湿度为60%～80%。
当床土的湿度降低到适宜范围以下，秧苗生育受到抑制。随着湿度的不断下降，秧苗逐渐出现萎瘪状态，直至干枯死亡。据报道，当叶片中的含水量减少到叶片开始干瘪时，叶片的光合作用效率仅为水分饱和时的1/2；当叶片严重干瘪时，叶片光合作用几乎停止，这是干旱对秧苗为害的一个方面。床土过于干燥，则秧苗细小而组织硬化，生育迟缓，这是造成僵苗的一个主要原因。
床土的湿度是与空气湿度相互影响的。当床土湿度增高时，由于从土面蒸发到空气中的水分增多，使空气湿度增高；另一方面，当苗床内空气湿度增高时，由于土面水分蒸发量的减少，使床土的湿度提高。对秧苗来说，在空气湿度高的情况下，叶面的蒸腾作用受到抑制，从而阻碍了根部的吸收。在土壤中含有充足的水分、而空气湿度较低的情况下，叶面的蒸腾作用旺盛，促进根部从床土中吸收大量水分和矿质营养，从而促进秧苗粗壮。采用合理的浇水，使床土保持适当的湿度，同时注意通风换气，使床内空气湿度降低，这是创造上述有利环境条件的主要措施。而浇水后的松土和在床土面撒一层疏松的细土，对保持土壤湿度和降低空气湿度可起到显著作用。
（2）浇水量 苗床浇水最忌过量，因为过量浇水会造成床土湿度过高。因此，有人认为控制土壤湿度可采用少浇勤浇的方法。但事实上，浇水量过少，特别是当水分不能渗透到秧苗根须所在的土层时，达不到浇水的目的；而且浇水时是要揭开覆盖物进行的，严寒季节经常开口浇水对保温不利；浇水次数增多还容易引起土壤板结。所以，浇水时用水量过少并不好。合理的浇水量是水下渗后使秧苗根须周围的土壤湿润，而床土表层湿度较小。
另外，在生产上有时由于播种过早，定植前秧苗较大，为了控制秧苗的生长，人们常常通过控制浇水来抑制秧苗的生长。其实，这种方法并不可取。因为这样容易产生僵苗，而这种僵苗一旦定植大田后，其缓苗慢、发棵迟，早期产量和总产量均要受到较大的影响。科学的方法是应该加强通风透光，及时移动营养钵，使大小苗分开，使秧苗具有较多的生长空间，并提供必要的水分。
（3）浇水时间 严寒季节应该在下午1时左右浇水，因为这时气温已升高，浇水时床温不致过低；而且浇水后正是一天中温度最高的时候，由于浇水而降低的床温能得到很快恢复；此外，中午前后温度较高，便于通风换气，使淋在秧苗上的水滴能及时蒸发掉，从而防止病害的发生。如果延迟到傍晚浇水，则随着床温的降低，苗床内空气的相对湿度增高，使秧苗的茎叶更加湿润，而在幼苗茎叶表面潮湿和有水滴的情况下，病菌容易活动，并侵入秧苗产生病害。事实上，育苗过程中，即使不是严寒季节，浇水也不能在傍晚进行。
另外，浇水应选择晴天进行。根据气象预报即将降雨或有寒流来临时，宜少浇水或暂时不浇水，可在床土表面撒一层湿土，待天气晴好后再浇水。因为，浇水降低了土温，而同时使秧苗含水量增加，容易发生冻害。
苗床要不要浇水，可从秧苗的形态表现上看出。如番茄苗的茎上茸毛多、子叶平展时，表示水分充足；苗的茎上茸毛少，子叶向上翘起、尖端卷曲，则表示床土过干，需要浇水。
需要指出的是，在实践中，经常可以看到秧苗叶子萎瘪，许多人认为这是床土过干，所以进行浇水。但事实上，床土过干仅仅是秧苗萎瘪的一个原因，除此之外，还有其它一些原因。如秧苗吹到冷风会引起叶子萎瘪；晴天床温突然升高，秧苗的水分蒸腾量快速增加时，秧苗体内水分突然失去平衡，也会引起萎瘪；刚假植的秧苗由于一部分根系损伤，吸收水分能力下降，容易产生萎瘪；秧苗根部受到害虫为害或土温过低而发生“萎根”，也会出现萎瘪；苗床内施肥浓度过高，烧伤根系，也出现萎瘪。所以，看到秧苗萎瘪时，应该仔细找出其真正的原因，采取有效的措施，切不可盲目浇水，否则不仅不能缓解问题，反而会造成更大的问题。
待看到床土表面干燥时，应该检查表土层下面是否也干燥，如果是，则应立即浇水。
（4）浇水方法 苗床内浇水应该用洒水壶洒水，而且应注意区别不同位置及床土的干湿度。一般应在苗床的中间适当多浇水，而两侧少浇水。因为床土中间温度较高，水分蒸发量大，两侧温度较低，土面蒸发量少，而且凝固在薄膜上的水珠顺着薄膜流下，使两侧的床土湿度较大。通过这样的区别对待，才能使苗床内的秧苗生长整齐。
浇水（实际上应该称作洒水）后，应加强通气，使沾在叶面的水滴散发，从而减少病害，恢复床温。