报关程序的含义；指进出口货物收、发货人、运输负责人、物品所有人或其代理人按照相关海关的规定，办理货物、物品、运输工具进、出境及相关海关事务的手续和步骤。
报关程序包括三个阶段：
减免税申请（货物进口之前的前期阶段）——进出口报关——申请解除监管（后续阶段）
（一）减免税申请
1、特定地区（①保税区减免税货物、②出口加工区减免税货物）
（1）保税区减免税货物
备案登记
向海关办理减免税备案登记时，应提交：
①、企业批准证书
②、营业执照
③、企业合同
④、章程
海关审核后准予备案的，签发企业征免税登记手册。
申领“进出口货物征免税证明”
在进口特定减免税货物以前，向保税区海关提交企业征免税登记手册、发票、装箱单等，录入海关计算机系统。核发“进出口货物征免税证明”
（2）出口加工区减免税货物
备案登记
向海关办理减免税备案登记时，应提交：
①出口加工区管理委员会的批准文件
②营业执照
海关审核后批准建立企业设备电子帐册。
申领“进出口货物征免税证明”
在进口特定减免税货物以前，向出口加工区海关提交发票、装箱单等，海关在电子帐册中进行登记，不核发“进出口货物征免税证明”。
2、企业（主要是指外商投资企业）
备案登记
向海关办理减免税备案登记时，应提交：
①、商务主管部门的批准文件
②、营业执照
③、企业合同
④、章程
海关审核后准予备案的，签发“外商投资企业征免税登记手册”。
申领“进出口货物征免税证明”
在进口特定减免税货物以前，向保税区海关提交：外商投资企业征免税登记手册、发票、装箱单等，经海关核准后，签发“进出口货物征免税证明”。
3、特定用途
（1）国内投资项目减免税申请
国内投资项目，经批准后，凭国家鼓励发展的内外资项目确认书、发票、装箱单等向主管海关提出减免税申请。海关审核后，签发“进出口货物征免税证明”
（2）利用外资项目减免税申请
利用外资项目，经批准后，凭国家鼓励发展的内外资项目确认书、发票、装箱单等向主管海关提出减免税申请。海关审核后，签发“进出口货物征免税证明”
（3）科教用品减免税进口申请
备案登记：
办理科学研究和教学用品免税进口申请时，应当持有关主管部门的批准文件，向主管海关办理资格认定手续。海关审核后，签发“科教用品免税登记手册”。
申领“进出口货物征免税证明”
在进口特定减免税科教用品以前，向主管海关提交科教用品免税登记手册、合同等单证。经海关核准后，签发“进出口货物征免税证明”。
（4）残疾人专用品减免税申请
①向主管海关提交民政部门的批准文件，海关审核后，签发“进出口货物征免税证明”。
②民政部门或中国残疾人联合会所属单位批量进口残疾人专用品，出具民政部门或残联（包括：省、自治区、直辖市的民政部门出具）出具的证明函，海关凭以审核签发“进出口货物征免税证明”。
4、“进出口货物征免税证明”的使用
（1）有效期6个月
（2）“一证一批”的原则
（二）、进出境阶段：
1、持减免税证明、许可证等相关证件按一般进出口货物办理报关程序。
2、注意：报关单上的备案号一栏的填写，不要填写错误
（三）、后续阶段：海关监管的解除
1、监管期满，根据有关企业的申请，海关核准后解除监管。
2、监管期内解除海关监管（例如说，机器设备它的监管期是5年，还没满5年呢，要申请解除海关的监管，例如说为了在国内销售、或者转让给别的企业、或者是放弃这些设备，或者是将这些设备退运境外），我们就来看，不同的情况，手续是如何办理的。
（1）在海关监管期内销售、转让的，企业应向海关办理缴纳进口税费的手续。
（2）将货物转让给同样享受进口减免税优惠的企业，接受货物的企业应当先向主管海关申领“进出口货物征免税证明”，凭以办理货物的结转手续。
（3）退运出境的，向出境地海关办理货物出口退运申报手续。出境地海关监管货物出境后，签发出口报关单，企业持该报关单及其他有关单证向主管海关申领解除监管证明。
（4）要求放弃特定减免税货物的，向主管海关提交放弃货物的书面申请，经海关核准后，按规定来办理手续。海关将货物拍卖，所得款项上缴国库后签发收据，企业凭这这个收据向主管海关申领解除监管证明。
3、企业破产清算时，特定减免税货物的处理。
企业进入到破产清算程序时，对于还处在海关监管期内的特定减免税货物，企业，首先向主管海关申请，经主管海关同意，缴纳应纳税款，获得解除监管证明，然后才能够处理该货物。
