南京市脑科医院把“科教兴院”作为核心发展战略，致力于教学和科研工作。医院内设有南京医科大学的精神病学、神经病学、医学心理学三个教研室，为南京地区三所高等医学院校和一所护校提供教学与临床实习支持。作为国家级培训基地，医院培养了众多精神医学和儿童精神医学的专业技术人员，总计超过2000名，其中包括1991年和1993年被国家教委认定的神经病学和精神卫生学硕士研究生学位点。
1998年，南京神经精神病学研究所成立，由翟书涛教授领军，专注于神经精神病学的基础和临床研究。自1994年以来，该所负责多项国家级、省市级及南京医科大学的科研项目，期间共取得42项科研成果，其中有5项获得省部级奖项。
医院拥有一支包括280名各级护理人员的专业团队，他们具备丰富的专科护理技术和严格的工作体系。医院注重护理人员素质的培养，强调心理护理和责任护理的重要性。此外，医院还出版了《临床神经病学杂志》和《临床精神医学杂志》两本专业学术期刊，为学术交流提供平台。
南京脑科医院，始建于1947年，前身为卫生部南京精神病防治院，是我国第一所国立神经精神病专科医院。