农村合作医疗报销流程如下：
1、转诊备案：投保人需要携带本人的有效身份证件以及新农合医疗证，前往当地的农村合作医疗管理办公室，办理好本人的转诊备案手续；
2、出院报销：患者需要在出院之后携带本人的出院小结、病例复印件以及住院费用清单等资料，前往当地的农村合作医疗管理办公室进行报销。
门诊报销标准
1、村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。
2、镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。
3、二级医院就诊报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
4、三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额0元，处方药费限额200元。
5、中药发票附上处方每贴限额1元。
6、镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元。
大病报销标准
1、镇风险基金补偿：凡参加农村合作医疗保险的住院病人一次性或全年累计应报医疗费超过5000元以上分段补偿，即5001-10000元补偿65%，10001-18000元补偿70%。
2、镇级合作医疗住院及尿毒症门诊血透、肿瘤门诊放疗和化疗补偿年限额1.1万元。农村合作医疗是我国农民自己创造的医疗保障制度，可极大缓解农民因病致贫、因病返贫中发挥着极大的作用。
那么农村合作医疗可以补交吗?不可以补交，农村合作医疗在每年的11月份到12月份缴纳，到次年的1月1日生效，即便在次年补交也不能生效，所以农村合作医疗不能进行补交。
住院报销标准
1、药费：辅助检查：心脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等各项检查费限额200元；手术费（参照国家标准，超过1000元的按1000元报销）。
2、60周岁以上老人在镇卫生院住院，治疗费和护理费每天补偿10元，限额200元。
农村合作医疗报销提供的证件包括：户口本或身份证、新农合参合缴费票据、住院发票、诊断证明、费用清单、住院病历；普通门诊报销需提供的证件包括：户口本或身份证、新农合参合缴费票据；
普通门诊慢性病报销需提供的证件包括：户口本、慢性病就医证、新农合参合缴费票据、普通门诊复式处方、门诊交费发票；大病统筹报销需提供的证件：户口本、新农合参合缴费票据、住院发票、诊断证明、费用清单、住院病历、合疗首次报销凭证。
新型农村合作医疗（简称“新农合”）是指由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。其采取个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金。
医疗保险待遇有以下主要内容：
1、医疗期待遇
职工享受医疗保险待遇，除完全丧失劳动能力者外，只限于规定的医疗期内。医疗期的长度根据职工本人连续工龄和本单位工龄分档次确定，最短不少于3个月，最长一般不超过24个月；难以治愈的疾病，经医疗机构提出，本人申请，劳动行政部门批准后，可适当延长医疗期，但延长期限最多为6个月。
2、疾病津贴
疾病津贴又称病假工资。职工患病或非因工负伤，停止工作满1个月以上的，停发工资，由用人单位按其工龄长短给付相当于本人工资一定比例的疾病津贴，不得低于当地最低工资标准的80%。
3、医疗待遇
职工一般可选择在与社会保险经办机构签订医疗保险合同的定点医院就医。其保险待遇项目主要有：规定范围内的药品费用、规定的检查费用和治疗费用、规定标准的住院费用。其中，职工个人账户用于支付小额医疗费用，社会统筹基金用于支付大额医疗费用。此外，职工供养亲属患病治疗时，一般仅就某些项目(如药费、手术费等)的医疗费用给予一定比例(一般为50%)的医疗补助。