在肝内胆管结石的治疗领域，多种方法正在不断进步。对于胆固醇结石，国外已进行甲基叔丁醚（MTBE）体外溶石试验，MTBE的溶石速度显著优于辛酸甘油酯，但其毒性较大，目前正研究改进型。对于胆红素结石，我国研发的桔皮1号、2号表现出良好的治疗效果。
以往，溶石治疗主要通过“T”形管灌注，如今，经皮经肝胆管穿刺（PTCD）窦道插管和十二指肠镜逆行鼻-胆导管注入溶石剂成为新的途径，更便捷且有效。
术前、术中、术后，胆道镜的应用日益普及。通过PTC建立窦道，逐步扩张后送入胆道镜进行取石或碎石。Burhenne设计的取石工具在X线下取石，成功率高，但非直视手术存在一定盲目性。相比之下，胆道镜下治疗更直观，成功率更高，能发现并处理并发的胆内胆管狭窄。
气道碎石仪如德国WOLF和瑞士LITHC-LAST的产品，利用空气压缩和脉冲撞击技术，可在胆道镜下直接碎石并取出。然而，对于深度较深的二级以上胆管，操作难度增加，效果可能不理想。
胆道子母镜技术则能更深入肝内胆管，通过子镜进行结石定位和清除，提高了手术精准性。外科手术方面，如空肠-胆管Roux-Y吻合术是常用方法，通过手术显露和清除结石，同时处理胆管狭窄。
对于结石位置特殊的病例，如局限于一侧肝叶，可能需要采取肝叶切除术。而皮下盲襻的建立，除了引流作用，还能降低再次手术的风险。
肝内胆管结石（calculus of intraheoatic duct,hepatolith）是胆管结石的一种类型，是指左右肝管汇合部以上各分枝胆管内的结石。它可以单独存在，也可以与肝外胆管结石并存。一般为胆红素结石。肝内胆管结石常合并肝外胆管结石。肝内胆管结石不仅是常见病，更重要的是由此引起的严重并发症，是良性胆道疾病死亡的重要原因。