蹲马桶一段时间后膝盖疼痛可能是由以下几个原因所导致的：
1.坐在马桶上的时间过久：在蹲马桶时，人的膝盖弯曲状态时间过长会让膝盖受到过度压力，从而导致膝盖疼痛。
2.姿势不正确：蹲马桶时身体姿势不正确也会导致膝盖疼痛。例如，蹲马桶时过于前倾或后仰，或者坐的时间过长等都可能导致膝盖疼痛。
3.膝盖过度使用：假如一个人习惯蹲马桶多年，那么其膝盖处于弯曲的状态时间很长，这个人的膝盖会比别人更容易疼痛，因为膝盖关节长期处于弯曲状态易造成膝盖的损伤。
4.关节炎：长期蹲马桶习惯会使人偏离正常步态，关节过度活动，从而降低膝盖软骨的维护能力，容易导致关节炎症状，引发膝盖疼痛的感觉。
如果膝盖疼痛严重，建议以下一些方法解决问题：
1.改变蹲厕姿势：调整身体的姿势，保证膝盖在水平位置上，变成蹲坐、轮椅或坐式马桶。
2.休息一段时间：如果膝盖在疼痛，那么应该休息几天，避免重度运动和步行以减轻疼痛。
3.药物缓解疼痛：使用止痛药治疗疼痛，这可以有效地减轻疼痛并加速恢复，但是这种治疗方法需要在医生指导下进行。
4.接受物理治疗：物理治疗方法有热敷冰敷、理疗手法、推拿按摩等，可以有效加速膝盖恢复。
总之，膝盖疼痛可能是从蹲马桶的各个方面而来，不要让这些坏习惯带来的伤害加重。如果疼痛严重，必须尽快去医院看诊。