主要区别是，意思不同、侧重表达不同、引证解释不同，具体如下：
一、意思不同
1、质问
意思是根据事实提出的疑问。
2、叩问
意思是打听，询问。
3、拷问
指针对犯人或犯错误的人拷打审问和用严刑进行调查。
4、追问
意思为追根究底地查问，多次的问。
二、侧重表达不同
1、质问
依据事实加以询问，责问。
2、叩问
带有尊敬意的询问。
3、拷问
拷打、审问，泛指用刑逼供。
4、追问
追根究底的查问。
三、引证解释不同
1、质问
《汉书·刘歆传》：“时丞相史 尹咸 以能治《左氏》，与歆共校经传。 歆 略从咸及丞相翟方进受，质问大义。”
白话文：“当时丞相史尹都以能治《左氏》，和李歆一起校经传。华歆大致从咸和丞相翟方进接受，询问大意义。”
2、叩问
《说唐》第一回：“走到一条僻静小巷，已是黄昏时候，家家闭户，听得一家有小儿啼哭，遂连忙叩问。”
3、拷问
杜鹏程 《保卫延安》第八章：“敌人一直把老太太拷问到天黑才罢手。”
4、追问
郁达夫《过去》：“我想起了在上海的时候的她的那种怪脾气，所以就也不再追问。”
参考资料来源：百度百科-质问
参考资料来源：百度百科-叩问
参考资料来源：百度百科-拷问
参考资料来源：百度百科-追问