系统发育树的进化分支常数无法显示

Question

如题所述

Answer 1

可以参考以下方法:
1. Bootstrap检验

对于进化树评估一般会使用 Bootstrap 进行检验。

Bootstrap检验，自举法检验，也叫自展，自助法。其实就是放回式抽样统计法的一种，通过对数据集多次重复取样，构建多个进化树，用来检查给定树的分枝可信度。

2. 重复取样值

那么重复取样的次数会在建树时设置，现在一般文章要求Bootstrap 取样值 >1000。

3. Bootstrap value 阈值

虽然根据严格的统计学概念，自展值需要要大于95%才较为可信。

然而在实际应用中，我们一般认为结点的 Bootstrap value > 70，这个分支就是可靠的。特别是微生物等相似度比较大的分类中，一般大于50%就认为可信（小于50%不会显示）。

4. Bootstrap value 与分支

如果低 Bootstrap value 更靠近分支末端，代表相似度太高而很难区分

如果低 Bootstrap value 更靠近根，代表相似度太低。