液相色谱色谱对样品分离效果，与样品性质有很大关系。
对于一般中性样品来说，如果用反相色谱分离，影响分离效果的主要因素有：流动相中有机相种类、有机相比例、柱类型，此外柱温对分离也有一定的影响。如果是正相色谱，影响因素主要有：流动相选择、流动相中调节剂（如
异丙醇、乙醇等）的含量、柱类型，在正相柱中，柱温对分离效果影响较大。
对于离子样品来说，除了上述因素，流动相的
pH值、缓冲液浓度等对分离效果也有至关重要的影响。
如果采用的是梯度洗脱，洗脱时梯度变化的速率、溶剂类型以及梯度的形状都对分离有很大的影响。
另外：柱长对分离效果也有影响，柱长越长，分离效果越好。