食品安全问的危害因素种类繁多，在这几个方面应该重点管控。
食品固有
食品本身成分中含有的天然有害物质，如河豚含河豚毒素、毒蕈含的有毒成分等。天然的食品毒素，实际上广泛存在于动植物体内，所谓“纯天然”食品不一定是安全的。
食品污染
是指人们摄人的各种食品从生产到销售的各个环节受到有毒有害物质的污染。一般有生物性、化学性和放射性污染三大类。生物性污染引起的食源性疾病是影响我国食品安全的最主要因素；化学性污染种类繁多，主要包括工业三废、农药与兽药、重金属毒物等；放射性污染主要是食品吸收或吸附了外来的放射性核素。
3．食品变质
主要指食品在正常、自然状态下，有关成分发生了一定变化，对人体健康产生危害。如油脂酸败引起的食物中毒。
4．人工添加
为改善食品的感官性状及加工工艺所需而加入的食品添加剂，如不遵守《食品添加剂使用卫生标准》规定的品种、用量和使用范围，属滥用食品添加剂，可导致食品安全问题。此外，在食品中掺假、制假、售假，会酿成重大的食品安全事件。如山西朔州毒酒事件，勾兑的散装白酒中甲醇含量超过国家标准902倍。
5．食品新原料与新工艺的使用
如转基因食品、益生菌和酶制剂等技术在食品中应用，带来了新的食品安全问题。如转基因食品携带的抗生素基因有可能使动物与人的肠道病原微生物产生耐药性等。随着检测技术水平的不断提高，对食品中有害因素会有新的认识，新的食品安全问题还会不断涌现。
【参考资料：MBA智库百科“食品安全”、“食品安全控制”】