1.废井田，开阡陌，承认土地私有
商鞅下令废除西周以来盛行的土地制度——井田制，开掘井田的“封疆阡陌”。所谓“封疆”，就是指各级贵族所占有的井田界限，这些界限是用土堆、沟地、树木等连接而成的。所谓“阡陌”，就是井田中间与灌溉渠道相应的纵横道路。同时，承认地主和自耕农的土地私有，允许土地买卖，按土地多少抽税。
2.普遍推行县制，设置县一级的官僚机构
商鞅将许多乡、邑、聚（村落）合并为县，建置了41个县（据《史记·秦本纪》。而《史记·商鞅列传》作“三十一县”，《六国年表》作“三十县”），设有县令、县丞和县尉。县令是一县之长，县丞掌管民政，县尉掌管军事。他们都由国君直接任免。此举将全国的政权、兵权集中到了朝廷，建立起中央集权的政治体制。
3.统一度量衡制，颁布度量衡的标准器
这是在公元前344年（秦孝公十八年）具体实施的。据研究，当时的标准尺，约合今23.05厘米，标准量器约合今0.2公升。现存世的“商鞅方升”（藏于上海博物馆），就是当时颁布的一件标准量器。
4.按户按人口征赋
此“赋”即以后俗称的“人头税”。商鞅规定按人口征赋，并严加惩罚隐瞒户口的“匿户”，这是为了限制官僚地主豢养食客的数目。商鞅又规定，一家有两个成年男子的必须分家另立户口，否则要加倍征赋。这是为了确立和鼓励一夫一妇为单位的个体小家庭经济，加快开垦荒地，扩大农业生产，提高劳动效益，并增加国家的赋税收入。从此，“田租”（土地税）和“口赋”（人头税）就成为中国古代社会两种重要的赋税制度。
5.革除残留的戎狄风俗，禁止父子兄弟同室居住
秦国的西南和西北部原是少数民族居住区，后来秦又统一了其中不少的地区，因而秦人保留较多的戎、狄族的风俗。商鞅意识到这些落后的习俗，对统一中原极为不利，便提出移风易俗，按照中原的风俗，改革秦国落后的习俗，如全家人不分男女老幼同居一室等。