因为当时沙俄的实力也十分强悍，不容小看，而且当时国内的派系斗争非常强烈。光绪年间，左宗棠奉命去收复新疆，这一战，左宗棠抬着棺材进了新疆，有着视死如归的决心，结果也没有让我们失望，左宗棠将新疆伊犁收复了回来，粉碎了英、俄勾结阿古柏侵占新疆的企图，维护了中国的领土主权，打击了侵略者的嚣张气焰，具有重大历史意义，虽然一路势如破竹，但是为什么没有收复新疆全境呢？下面我们就来聊一聊为什么无法收复新疆全境。
一、尽管左宗棠一路上势如破竹，但是沙俄的实力也是非常强悍。沙俄在当时是强大的欧洲国家，左宗棠当时并没有足够的实力能够与沙俄对抗，就是能够收复伊犁，但是在往后的对决必然不占优势，而且一旦清政府和沙俄全面开战，沙俄在远东地区的军队快速逼近北京，面对兵临城下的威胁，一向对外卑躬屈膝的清政府很可能再次服软，丢失更多利益，所以左宗棠当时的处境并不允许他收复新疆全境。
当时以李鸿章为首的大臣，提倡注重海疆、裁撤陆疆的思想。如果左宗棠大军和沙俄交战的话，那么朝廷上大部分人都会反对，到那个时候战也不是和也不是而且一旦左宗棠大军有所闪失，沙俄势必会狮子大开口，趁机再度逼迫清政府出让更多的利益。
当时左宗棠进军新疆之后，沙俄提出打算通过外交进行解决伊犁的问题，清政府也是忌惮当时沙俄的实力，所以能够通过外交那就通过外交解决，实在不行再通过武力。
公元1864年，因为太平天国运动和陕甘回变的影响，新疆区域发生了地方割据政变。对于新疆这块肥肉，列强自然也是不会放过，沙俄很快扶持了阿古柏建立傀儡政权“洪福汗国”，慢慢的蚕食新疆的土地，而沙俄自己也于公元1871占领了伊犁。面对这种情况，左宗棠主动请缨，采用“先北后南”、“缓进急战”的战略，胜利连连。按理说这种情况，左宗棠应该趁势收复新疆全境，最后却只收复了南疆，这是为何呢？在我看来，有沙俄涉入和国内派系斗争两个方面。
早在1871年沙俄占领了伊犁之后，就看准了清政府是一个软骨头，因为其当时连国内的太平天国运动都用来十几年才解决，新疆问题自然也不太好解决。所以沙俄借着帮助管理伊犁，防止阿古柏入侵的名义占领了此地，这就是一种常见的外交手段。既然沙俄这样说了，左宗棠也没有办法动手。
可能有人会说，这本来就是中国的地，我们只要与沙俄交涉就好了。这个想法很天真，沙俄再不济也是当时世界上的大国之一，典型的帝国主义国家。如果左宗棠贸然与其开战，也许可以收复伊犁，但是以后清政府与沙俄关系该怎么处理呢？还不是挨打的命，该服软就服软，说割地就割地？这肯定是清政府不愿意看到的。
公元1874年，日本侵略台湾。朝廷内就爆发了“海防”与“塞防”的争议，李鸿章等人认为海防是重中之重，应该全力发展。而左宗棠则认为塞防与海防并重。这场争议最后是左宗棠取得了胜利，他也才因此能够出塞平叛新疆。但是在后来打败阿古柏，收回部分新疆领土之时，此使再与沙俄交战的话，李鸿章肯定会不服气，借此机会弹劾左宗棠，导致朝廷出现动乱，作战也会陷入被动的局面。再加上万一是没能收回伊犁，那么左宗棠也将会遭遇灭顶之灾。
在权衡利弊之下，左宗棠最终放弃了收复新疆全境的想法。