区别如下：
1、组织目标、本质不同；合伙制企业是指两个或两个以上投资者合伙而共同组建的企业。它是在业主制企业的基础上发展起来的,它在两个或两个以上业主的个人财产的基础上经营，共同对债务承担无限责任。
股份制有限责任企业是一种入股集资、联合从事生产经营的企业组织形式。股份有限公司和有限责任公司一样都属于有限公司,股东只以出资额为限对公司承担有限责任.
2、承担责任不同；股份制企业一般指有限责任公司与股份有限公司。在有限责任公司与股份有限公司中，股东以出资额为限，对公司债务承担有限责任。合伙制企业中，每一个合伙人都对合伙企业的全部外债承担连带、无限责任。
3、合伙制倾向雇工、独资，股份合作制需劳动合作、民主决策。一些股份制企业厂长认为，股东多有利于筹集资本，但事情不好商量，因此股东越少越好，最好独资；职工入股责任心强，但不好指挥。这就要研究如何使企业实现民主决策，专人负责，以利于企业发展的问题。
4、分配方式不同，股份制主要按资本分配，而合作组织除按劳动分配外，主要按交易量分配。合伙制企业中，合伙人按契约进行分配，契约由合伙人在成立合伙组织前协商订立，可以平均分配利润，也可以不平均分配利润。
股份制企业的利润分配严格按照股权进行，股权越多，分配利润越多。
合伙人制和股份制的相同点：
1、合伙人制和股份制都是常用的、有效的企业组织形式，是企业组建、运作的具体方式，与社会性质没有必然联系，资本主义可以利用，社会主义也可以利用。
2、合伙人制和股份制的企业资产都是建立在“联合”的基础上，不同于单一所有制，股份制的企业如私营经济、个人独资企业、国有独资企业。
3、合伙人制和股份制在深化经济改革、完善社会主义市场经济体制的过程中，都具有广阔地发展前景。
参考资料来源：百度百科－合伙人制度
参考资料来源：百度百科－股份制