根据 《中华人民共和国出境入境管理法》
港澳通行证补签程序为：
1.提交申请
申请人可先在网上提前预约申请，或直接到现场提出申请
按照规定填写《中国公民出入境证件申请表》，准备好需要提交的相关证明材料
2.数码照相
申请人需要提交本人数码照片 两 张，可直接在现场进行拍照（亦可在公安局认可的拍照点拍照，需领取照片回执）
3.采集指纹
申请人在工作人员的指引下进行指纹采集或者核验指纹（左右手大拇指）
16 周岁以下的申请人是否采集指纹根据其监护人的意见确定，采集后拿号等待办理
4.受理申请
工作人员对申请人提交的材料进行初审，并出具缴费单给申请人（如果申请人希望使用免登记自助通关，应同时签署《免登记使用港澳地区自助查验通道声明》）
5.缴纳费用
申请人到指定窗口缴纳办证及签注所需的费用，制证费用 80 元，签注费用以签注类型而定，并领取回执单
6.制作证件
受理申请后，由省公安机关出入境管理机构负责制作电子港澳通行证，并将制作好的证件送回接受申请的出入境管理机构
7.发放证件
申请人在制证完成后，到办理的出入境管理机构领取证件
若选择快递形式收件的话，只需等候快递人员上门进行签收即可
一、办理时限
法定时限：10 个工作日
承诺时限：10 个工作日
二、办理费用
往来港澳通行证： 80 元/证
签注：
1.一次有效签注 15 元/件; 二次有效签注 30 元/件; 短期(不超过一年)多次有效签注 80 元/件
2.一年以上(不含一年)两年以下(含两年)多次有效签注 120元 /件
3.两年以上三年以下(不含三年)多次有效签注 160元 /件
4.长期(三年以上，含三年)多次有效签注效签注 240元 /件
以上资料来源于
一、办理条件
（1）申领材料齐全、规范、有效
（2）《往来港澳通行证》有效期超过 6 个月（部分城市是 3 个月）
（3）《往来港澳通行证》有足够空白签注页
二、办理地点
户籍所在地的出入境管理处
三、办理材料
（1）《居民身份证》
（2）有效的《往来港澳通行证》
（3）代办人需携带《居民身份证》
扩展资料：
本人凭身份证及有效的《往来港澳通行证》办理，也可代办，代办人需携带身份证。（不同城市对加签可能有特殊规定，具体咨询户籍所在地出入境管理处，少数城市可以邮寄续签，如江苏连云港市）
办理时限：自受理之日起7个工作日。
费用：一次往来签注每个20元；二次往来签注每个30元。
特别注意：《往来港澳通行证》有效期不足6个月（部分城市是3个月）的或无足够空白签注页的不能办理，须按首次申请手续办理新的《往来港澳通行证》，同时申请签注。
证件有效期：往来港澳通行证有效期5年。2014年9月15日，全面启用电子往来港澳通行证规定，成年人电子往来港澳通行证有效期延长为10年，对未满16周岁的仍签发5年有效通行证。
参考资料来源：百度百科-中华人民共和国往来港澳通行证
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