北京大学、中国人民大学、清华大学、北京师范大学、北京航空航天大学、北京理工大学、北京邮电大学、北京科技大学、中国农业大学、北京林业大学、中国协和医科大学、北京交通大学；
哈尔滨工程大学、哈尔滨工业大学、大连理工大学、东北大学、吉林大学、东北师范大学、南开大学、天津大学、复旦大学、同济大学、上海交通大学、华东师范大学、华东理工大学；
第二军医大学、南京大学、东南大学、河海大学、南京航空航天大学、南京理工大学、中国矿业大学、南京农业大学、中国科学技术大学、浙江大学、厦门大学、山东大学、中国石油大学；
武汉大学、华中科技大学、中国地质大学、湖南大学、中南大学、国防科学技术大学、中山大学、华南理工大学、四川大学、重庆大学、西南交通大学、电子科技大学、西安交通大学；
西北工业大学、西安电子科技大学、西北农林科技大学、兰州大学、第四军医大学。
1、北京大学
北京大学（Peking University），简称“北大”，由中华人民共和国教育部直属，中央直管副部级建制，位列“211工程”、“985工程”、“世界一流大学和一流学科”。
北京大学创立于1898年维新变法之际，初名京师大学堂，是中国近现代第一所国立综合性大学，创办之初也是国家最高教育行政机关。1912年改为国立北京大学。
1937年南迁至长沙，与国立清华大学和私立南开大学组成国立长沙临时大学，1938年迁至昆明，更名为国立西南联合大学。1946年复员返回北平。
1952年经全国高校院系调整，成为以文理基础学科为主的综合性大学，并自北京城内沙滩等地迁至现址。2000年与原北京医科大学合并，组建为新的北京大学。
2、哈尔滨工程大学
哈尔滨工程大学（Harbin Engineering University）简称“哈工程”，是中华人民共和国工业和信息化部直属并由工业和信息化部、教育部、黑龙江省人民政府、中国人民解放军海军共建的全国重点大学；
是国家首批“211工程”、“985工程优势学科创新平台”、“世界一流学科建设高校”。
学校源自1953年创办的中国人民解放军军事工程学院（哈军工）；1970年，组建哈尔滨船舶工程学院；1981年成为首批具有博士、硕士学位授予权单位；1994年，更名为哈尔滨工程大学。
3、南京大学
南京大学（Nanjing University），简称“南大”，是中华人民共和国教育部直属的综合性全国重点大学，位列世界一流大学建设高校（A类）、”211工程“、”985工程”。
南京大学其学脉可追溯自公元258年的南京太学，近代校史肇始于1902年创建的三江师范学堂，此后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立第四中山大学、国立中央大学、国立南京大学等历史时期，于1950年更名为南京大学。
1952年院系调整，南京大学调整出部分院系后与创办于1888年的金陵大学文、理学院等合并，仍名南京大学。
4、武汉大学
武汉大学（Wuhan University），简称“武大”，是由中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，是国家首批“双一流”建设高校，985工程、211工程重点建设高校。
武汉大学溯源于1893年湖广总督张之洞在武昌创办的自强学堂，历经传承演变，1928年定名国立武汉大学，1949年更为现名。
2000年，武汉大学与武汉水利电力大学、武汉测绘科技大学、湖北医科大学合并组建新的武汉大学。
5、西安电子科技大学
西安电子科技大学（Xidian University）是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，由教育部与工业和信息化部、国家国防科技工业局、中国电子科技集团公司、陕西省、西安市共建，国家“世界一流学科建设高校”、“211工程”、“985工程优势学科创新平台”。
学校前身是1931年诞生于江西瑞金的中央军委无线电学校，是毛泽东等老一辈革命家亲手创建的第一所工程技术学校。1958年迁址西安，1966年转地方建制，1988年定名西安电子科技大学。
参考资料来源：百度百科——研究生院
教育部分两次共批准了33所高校试办研究生院（高校合并后变为31所）
1.北京大学研究生院
2.中国人民大学研究生院
3.清华大学研究生院
4.北京航空航天大学研究生院
5.北京理工大学研究生院
6.北京科技大学研究生院
7.中国农业大学研究生院
8.中国协和医科大学研究生院
9.北京师范大学研究生院
10.南开大学研究生院
11.天津大学研究生院
12.大连理工大学研究生院
13.东北大学研究生院
14.吉林大学研究生院
15.哈尔滨工业大学研究生院
16.复旦大学研究生院
17.同济大学研究生院
18.上海交通大学研究生院
19.华东师范大学研究生院
20.南京大学研究生院
21.东南大学研究生院
22.浙江大学研究生院
23.中国科学技术大学研究生院
24.厦门大学研究生院
25.武汉大学研究生院
26.华中理工大学研究生院
27.中国地质大学研究生院
28.国防科技大学研究生院
29.中山大学研究生院
30.西安交通大学研究生院
31.西北工业大学研究生院
2000年6月 教育部批准了22所高校试办研究生院
32.北方交通大学研究生院
33.北京邮电大学研究生院
34.北京林业大学研究生院
35.东北师范大学研究生院
36.华东理工大学研究生院
37.南京航空航天大学研究生院
38.南京理工大学研究生院
39.中国矿业大学研究生院
40.南京农业大学研究生院
41.山东大学研究生院
42.石油大学研究生院
43.湖南大学研究生院
44.中南大学研究生院
45.华南理工大学研究生院
46.四川大学研究生院
47.重庆大学研究生院
48.西南交通大学研究生院
49.电子科技大学研究生院
50.西安电子科技大学研究生院
51.兰州大学研究生院
52.第二军医大学研究生院
53.第四军医大学研究生院
2002年5月 教育部批准了2所高校试办研究生院
54.哈尔滨工程大学研究生院
55.河海大学研究生院
2003年8月 教育部批准了1所高校试办研究生院
56.西北农林科技大学研究生院本回答被提问者采纳