没有房产证的自建房，法院是可以查封的。法院进行查封表明已经进入强制执行阶段，根据相关法律法规，法院有权利对被执行人财产进行冻结扣押来维护执行人的合法权益。
法律分析
人民法院按照法定程序，运用国家强制力量，根据发生法律效力文书明确具体的执行内容，强制民事义务人完成其所承担的义务，以保证权利人的权利得以实现。发生法律效力的文书包括但不限于以下几种：民事判决书、实现担保物权裁定、确认调解协议裁定、支付令等。一经生效，义务人即应自动履行。如拒不履行，权利人可申请人民法院强制执行。如果个人持有被申请执行的财产、而由人民法院书面通知协助执行的，都有义务按通知的规定执行。凡是无故推诿、拒绝或者妨碍执行，因而造成严重后果的，要负法律责任。人民法院的执行工作，应以法律文书为根据。法律文书必须发生法律效力，没有生效的不能作为执行的根据。法律文书还必须具有给付内容，如果只是确认或者变更法律关系的，则无需执行。所以，没有房产证的自建房法院通知实际占有人后可以查封。
法律依据
《中华人民共和国民事诉讼法》 第二百四十二条 被执行人未按执行通知履行法律文书确定的义务，人民法院有权向有关单位查询被执行人的存款、债券、股票、基金份额等财产情况。人民法院有权根据不同情形扣押、冻结、划拨、变价被执行人的财产。人民法院查询、扣押、冻结、划拨、变价的财产不得超出被执行人应当履行义务的范围。人民法院决定扣押、冻结、划拨、变价财产，应当作出裁定，并发出协助执行通知书，有关单位必须办理。
《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》 第十条 查封尚未进行权属登记的建筑物时，人民法院应当通知其管理人或者该建筑物的实际占有人，并在显著位置张贴公告。
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