清代的贵州，作为边疆之地，历经元明开发，逐步设立土司治所和卫所，如贵阳、镇远等，它们见证了历史的变迁。明代卫所演变为行政机构，而清朝时期，府州制度逐渐兴起，尽管府城规模较小，但战乱频仍，至清朝中期，大部分地区实现了改流。
府级治所，贵阳府自宋代始建，明清两代多次扩建，现今尚存部分古城墙，见证了城市的繁荣与沧桑；兴义府源于明代，清代更名，虽有城墙遗迹，但岁月侵蚀痕迹犹在。镇远府，作为黔东的门户，城墙留存较多，保存着昔日的雄伟；黎平府则是明朝卫所演变，多次重修，城墙部分尚存；遵义府，平播州后建立，咸丰年间扩大规模，部分遗址仍能展现其历史风貌，杨龙喜的起义于此留下了鲜明的一笔。
在杨龙喜的起义中，他组建军队，攻克桐梓，并自立为江汉政权，攻城略地，清军屡次失利。然而，川军的反攻迫使江汉军撤退，思南府在这一时期经历多次变迁，管辖区域有所调整。
府治变迁，如思南府，始于永乐年间，历经多次修缮，咸丰后曾拆除，仅存石基墙址；石阡府，顺治设立，明时土城基础，后多次扩建修复，清乾隆时加固，民国时已无完整城墙，仅剩部分残墙；铜仁府，永乐时期设立，虽多次扩建，但最终在1954年消失，仅存部分城墙遗迹。
其他如大定府、安顺府、都匀府、思州府、平越州等，每个府治都有其独特的历史痕迹，或在战乱中重建，或在和平时期修缮，城墙的存废反映了它们的兴衰历程。
值得注意的是，平越州在清朝顺治、康熙年间经历了管辖调整，虽在咸丰年间受损，但后来有所修复。至1955年，部分城墙石被拆，1984年的大修保留了水城，其瓮城和水城遗迹成为历史的见证。
学术研究方面，学者如肖竞、李和平深入研究了西南山地城镇，地方志如《思南府志》、《思州府志》等详尽记录了这些府治的历史，而贵阳、黔西、仁怀等地志和文物保护规划提供了更深入的视角。同时，城市图如贵阳市街图、遵义县城示意图，以及军事志如《遵义市军事志》等，共同构建了贵州府治的立体画卷。
综上，清代贵州的二级行政区治所，每座府城都承载着丰富的历史信息，它们的兴衰更替，是清代贵州社会发展的一个缩影。