经院哲学的形成与深化涉及对神学与理性的深刻探讨。安瑟尔谟的论证不仅局限于共相的真实性，还包括神的本体论证明。他认为，真实的事物依赖真理存在，个体是更高真实的表现，而神的存在证明基于人的理性观念，而非客观验证。这一认识论上的唯心主义在11世纪后经院哲学的发展中占据了重要位置，随着亚里士多德哲学和阿拉伯哲学的传入，基督教异端兴起，经院哲学家致力于理性化基督教教义，如彼得的《四书》系统阐述了神学信条。
进入13世纪，托马斯·阿奎那试图调和亚里士多德哲学与基督教信仰，他运用亚里士多德的理论来维护神学，如将运动的四因说与神的存在联系起来。尽管如此，阿奎那也承认理性与信仰的关系，他的思想与奥古斯丁有所分歧，但依然受到亚里士多德哲学影响。
14世纪，神学与哲学开始分离，形而上学进入信仰领域，逻辑与分析成为哲学主流。奥康的威廉提出神的全能与自由属于信仰层面，逻辑与经验主义开始主导对世界的理解，经院哲学逐渐衰落。在16世纪的反宗教改革运动中，经院哲学重新兴起，但主要在自然法理论方面有所发展，如格劳修斯的法学理论。
19世纪末，面对现代科学与哲学的挑战，天主教教会倡导新经院哲学，但其理论缺乏现实感，在现代哲学思潮中影响力有限。总的来说，经院哲学在不断变化的历史背景下，始终围绕神学与理性，经历了从理论构建到实践应用的转变。
经院哲学是与宗教神学相结合的唯心主义哲学，属于欧洲中世纪特有的哲学形态，是天主教教会用来训练神职人员，在其所设经院中教授的理论，故名经院哲学。