1、分工不同：
全栈工程师和构架师并不存在高低之分，分工不同而已，只不过成为构架师所需要掌握的知识更特殊，而且也更依赖经验。
2、关注点不同：
全栈工程师更多关注功能实现，构架师更关注系统性能。但对于小型系统，只要实现功能即可，性能可以暂时放在一边，这时用全栈工程师最适合。
3、精通方向不同：
全栈工程师或构架师虽是个多面手，但其弊端使这些角色的发展有了局限性。毕竟术业有专攻，一个人就算有再大的精力，也无法做到全精。
横向是一个方向，专精也是一个方向，说不上谁比谁厉害，但一定都是在自己的领域内做到极致的人。把每个部分都做好，同时修炼其他的技能，自然而然就会升到架构师或者全栈工程师这类令人羡慕不已的角色。
4、选择种类不同：
一般情况下来说，全栈工程师指的就是Javaweb开发后台以及前端开发，能够用Java编程独立完成整体网站的过程，而企业为什么会选择全栈工程师,最大的原因就是可以降低开发的成本，不过全栈I程师的薪资待遇是非常高的，对于Java编程语来说，全栈工程师并不是很难。
相对于Java全栈I程师来说，Java架构工 程师选择类型会更多-些，比如说安开发架构、网站开发架构、web前端架构等,对于架构工程师来说。
不仅仅需要具备良好的思维逻辑还需要具有强大的技术枝持，架构工程师涉及程序整体的开发工作,安全开发的方面，从发展度上来说，架构工程师的领域与技术要比全栈工程师多。
1、性质不同
全栈工程师指掌握多种技能，胜任前端与后端，能利用多种技能独立完成产品的人。系统架构师为一个最终确认和评估系统需求，给出开发规范，搭建系统实现的核心构架，并澄清技术细节、扫清主要难点的技术人员。
2、能力要求不同
全栈工程师：现代项目的开发，需要掌握多种技术。互联网项目，需要用到后端开发、前端开发、界面设计、产品设计、数据库、各种移动客户端、三屏兼容、restFul API设计和OAuth等等。
前卫的项目，还会用到Single Page Application、Web Socket、HTML5/CSS3这些技术以及像第三方开发像微信公众号微博应用等等。
系统架构师应该拥有以下几方面的能力：对.Net/JAVA技术及整个解决方案有深刻的理解及熟练的应用 ，并且精通WebService/J2EE架构和设计模式，并在此基础上设计产品框架。
具有面向对象分析、设计、开发能力（OOA、OOD、OOP），精通UML和ROSE，熟练使用Rational Rose、PowerDesigner等工具进行设计开发；精通大型数据库如Oracle、Sql Server等的开发。
3、价值不同
对于创业公司来说，全栈工程师的价值是非常大的，创业公司不可能像大公司一样，各方面的人才都有。虽然说全栈工程师工资会比一般的工程师会高很多，但综合下来，成本会低很多。
优秀的系统架构师是保证软件系统强大生命力的核心人物。专业架构师能够帮助公司全面研究现有架构和设计模式、评估系统设计的优缺点和可能存在的风险，通过一系列的专题指导和具体案例帮助公司掌握先进的、成熟的设计模式，简化复杂的业务逻辑和需求，确定系统最适合法人方案。
在必要的情况下，还可就特定领域或课题，为开发人员提供定制指导。
本回答被网友采纳全栈工程师和构架师并不存在高下之分，分工不同而，只不过成为构架师所需要掌握的知识更特殊，而且也更依赖经验。全栈工程师更多关注功能实现，构架师更关注系统性能。
全栈工程师主要负责应用开发，对前端后端技术都能熟练使用，更关注应用开发本身，以做新功能为主。
但在大型应用中，除了功能，性能也变得重要，这时候就需要构架师了。构架师考虑的是技术的选型，系统模块之间的连接方式，系统可能的瓶颈，然后还有负载均衡和缓存之类的支持系统。
对于小型系统，只要实现功能即可，性能可以暂时放在一边，全栈工程师最适合。随着系统的更新升级，构架也不断演进，许多以前不会出现的问题渐渐出现，能对这个过程有清晰认识的人，就是架构师。
全栈是全都要回，也全都要干；架构师的专业度高，可代替性不强；
二、薪资情况不同
对于刚出社会的应届生来说全栈薪资低，要求高；架构师薪资普遍偏高本回答被提问者采纳