因为历史上，八旗与姓氏没有必然关系，爱新觉罗作为一个大家族，其成员分在各旗的都有。
八旗分上三旗与下五旗。顺治皇帝为了加强对八旗的控制，对八旗的顺序进行了调整。镶黄、正黄、正白三旗由皇帝直接控制，称为上三旗；正红、镶红、正蓝、镶蓝、镶白五旗由诸王、贝勒统辖，称为下五旗。所以上三旗较下五旗为崇。
入关前，八旗都有爱新觉罗氏皇族。入关之后，从顺治帝以下的皇帝都把自己的皇子分封进下五旗，其目的主要是蚕食下五旗原旗主的佐领，直接影响就是，入关之后分出来的皇族，旗籍都在下五旗。
如雍正帝在当贝勒、雍亲爷的时候，旗籍在镶白旗，继位后回到上三旗。如启功的祖上是弘昼，其分到了正蓝旗，故而启功自己是正蓝旗的宗室。又如宣统帝的父亲载沣一门，实际上是在镶白旗。
扩展资料：
八旗的衰落
从顺治、康熙年间起，八旗官兵便已出现追求享受、战斗意志衰退的倾向。在平定三藩之乱的战争中，八旗军以往的主力地位已被绿营兵所取代。
雍正、乾隆年间的一些重要战争，如柴达木之战、平定大小和卓之战、大小金川之战中，尽管参战的八旗官兵数量有限，其中一些号称精锐的八旗部队的表现却不如绿营兵，昔日敢打敢冲的作风已不复存在。
乾隆中期以后，以皇帝为首的统治阶级生活日益奢靡，庞大的官僚机构愈加腐败。那些贵族上层已形成颓风难挽的局面。到了清代末叶，那些八旗子弟已完全成为寄生虫。发展到贩卖人口，当卖军中的盔甲器械。大量正身旗人下降为佃户，甚至沦为流民、痞棍和无赖。
清末，八旗军逐渐演变成专靠国家供养的社会救济组织，失去了起码的战斗能力。1799年清军在镇压白莲教大起义时，曾一度把京营八旗中最精锐的健锐营和火器营派往前线，结果因军纪败坏，不听约束，未及投入战斗就被迫撤军回京。
民国成立之后旗人特权被废除，失去了经济来源又不会生产劳动的旗人多穷困潦倒甚至男盗女娼。八旗制度与清政权相始终，它既是清王朝取胜的重要因素之一，也使清王朝最终走向衰败没落之路。
参考资料来源：百度百科-爱新觉罗
参考资料来源：百度百科-八旗
所以皇帝本人是在镶黄旗，但皇家的亲属就未必了。比如多尔衮就在正白旗，莽古尔泰在正红旗，豪格在正黄旗......
八旗制度是清太祖努尔哈赤于明万历二十九年（1601年）正式创立，初建时设四旗：黄旗、白旗、红旗、蓝旗。1614年因“归服益广”将四旗改为正黄、正白、正红、正蓝，并增设镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗，合称八旗，统率满、蒙、汉族军队。
皇太极继位后为扩大兵源在满八旗的基础上有创建了蒙古八旗和汉军八旗，其编制与满八旗相同。满、蒙、汉八旗共二十四旗构成了清代八旗制度的整体。满清入关后八旗军又分成了禁旅八旗和驻防八旗。
八旗的排序是这样的：
1、正黄旗
以旗色纯黄而得名。正黄，镶黄和正白旗列 为上三旗，上三旗内无王，都归皇帝所亲统．兵 是皇帝亲兵，侍卫皇室的成员也从上三旗中选。 至清末，是八旗满洲中人口最多的一个，下辖92个整佐领又2个半分佐领，约3万兵丁，男女老少总人口约15万人
2、镶黄旗
在今内蒙古锡林郭勒盟西南部。清代八旗之一， 建于明万历四十三年(1615年)，因旗色为黄色镶红边而得名，镶黄旗是上三旗之一，旗内无王，由 皇帝所亲统，兵为皇帝亲兵，侍卫皇室的成员也 从上三旗中选。清末时的规模是辖84个整佐领又 2个半分佐领，约2．6万兵丁，男女老少总人口13 万人。很多清皇室成员都是镶黄旗．如嘉庆帝的 皇后孝和睿，乾隆帝的孝贤皇后、哲悯皇贵妃，朝廷的高级官员中 也有不少是来自镶黄旗的。
3、正红旗
在今内蒙古乌兰察布盟东部，清代八旗之一。 建于明万历二十九年(1601年)，因旗色为纯红而得名，正红旗是下五旗，由诸王，贝勒和贝子分 统。至清末，是八旗中人口最少的一个旗，规模 为下辖74个整佐领，兵丁2．3万，男女老少总人口约11．5万人。著名作家老舍先生原隶正红旗； 清乾隆年间的大贪官和绅也是正红旗人。
4、镶红旗
在今内蒙古乌兰察布盟东部，清代八旗之一。 建于明万历四十三年(1615年)，因旗色为红色镶白而得名，镶红旗是下五旗之一，由诸王．贝勒 和贝子分统。清末时规模达到下辖86个整佐领. 兵丁2．6万，男女老少总人口约13万人。清光绪帝的宠妃珍妃就是镶红旗人。
5、正白旗
位置在内蒙古锡林郭勒盟南部。清代八旗之一。 明万历二十九年(1601年)，努尔哈赤初定，以旗色纯白而得名。正白旗是八旗中的上三旗之一‘ 顺治前，上三旗中并无正白旗而有正蓝旗，因在 顺治初，多尔衮将自己所领正白旗纳入上三旗而将正蓝旗降入下五旗，这以后就成了定制。正白 旗是皇帝亲统旗之一，旗内无王，兵为皇帝亲兵， 并从中挑选侍卫皇室的成员。清末规模为辖86个整佐领(基本户口和军事编制单位，100—300人 为一单位)约2.6万兵丁，男女老少总人口约13 万人。清末代皇后婉容是正白旗人。
6、镶白旗
在今内蒙古锡林郭勒盟南部。清代八旗之一。建于明万历四十三年(1615年)，因旗色为白色镶红而得名，镶白旗属于下五旗之一，不是由皇帝所亲统‘而由诸王，贝勒和贝于分统，清末时的规模是84个整佐领，约2．6万兵丁，男女老少总人口约13万人。
7、正蓝旗
在今内蒙古锡林郭勒盟南部，闪电河流贯， 邻接河北。清代八旗之一。建于明万历二十九年 (1601年)，因旗色纯蓝而得名。正蓝旗在顺治前与正黄，镶黄列为上三旗，顺治初，被多尔衮降 入下五旗，不再由皇帝所亲统而由诸王，贝勒和 贝子分统。清末时规模达到下辖83个整佐领又11 个半分佐领，兵丁2．6万，男女老少总人口约13 万人。
8、镶蓝旗
在今内蒙古乌兰察布盟东部。清代八旗之一。 建于明万历四十三年(1615年)，因质色为蓝色镶红而得名，镶蓝旗是下五旗，由诸王，贝勒和贝 子分统。清末时规模达到下辖87个整佐领又一个 半分佐领，兵丁2．7万，男女老少总人口约13．5万人。著名表演艺术家侯宝林先生便是镶蓝旗人，历史上臭名远扬的“垂帘听政”的慈禧太后和正直善良的慈安皇太后(也称东宫)都是。
入关后从顺治皇帝开始，皇帝是上三旗的旗主，同时拥有三个旗，所以他本质上不专属于上三旗的任何一个旗。不过据说在统计户口的时候，皇帝一家惯例记作“头旗内头参领下头佐领人”，恰好清代头旗为镶黄旗，所以在某个角度来说，皇帝的户口是镶黄旗。
入关前，八旗都有爱新觉罗氏皇族。入关之后，从顺治帝以下的皇帝都把自己的皇子分封进下五旗，其目的主要是蚕食下五旗原旗主的佐领，直接影响就是，入关之后分出来的皇族，旗籍都在下五旗。如雍正帝在当贝勒、雍亲爷的时候，旗籍在镶白旗，继位后回到上三旗。如启功的祖上是弘昼，其分到了正蓝旗，故而启功自己是正蓝旗的宗室。又如宣统帝的父亲载沣一门，实际上是在镶白旗。本回答被网友采纳