国家专项计划弊端如下：
一、国家专项计划面向的区域有严格的限制，实施的区域比较少
根据教育部《关于做好2020年重点高校招收农村和贫困地区学生工作的通知》，国家专项计划的实施区域为集中连片特殊困难县、国家级扶贫开发重点县以及新疆南疆四地州。以湖南省国家专项计划招生要求为例，实施的区域仅有40个县，其中集中连片特殊困难地区覆盖37个县。
包括新邵县、邵阳县、隆回县、洞口县等；集中连片特殊困难地区外国家扶贫开发工作重点地区仅覆盖3个县，包括平江县、新田县和江华瑶族自治县。由于限制条件比较多，同学们在报考之前一定要提前了解清楚自己是否有报考的资格。
二、国家专项的招生专业有限
都是有利于促进贫困地区发展的专业，而且招生计划很少，给贫困生的机会并不多。从招生专业类型来看，国家专项的招生专业仅有12个，相对于普通类的82个专业，同学们能够选择的专业其实不多。
而且这些专业大多都是比较冷门的专业，对于贫困地区的建设发展比较有利，但想要毕业之后找到对口或高薪的工作，难度是比较高的。
从招生计划数量来看，四川大学2020年在四川省仅招收38名学生，能够有幸考上的人也并不多。所以总体来看，国家专项计划虽然确实给了贫困生机会，但机会非常有限。
三、国家专项计划的招生学校为中央部属高校和各省、区、市所属重点高校，虽然有降分录取的情况，但也需要超过一本线或者本科批次线，对学生的高考成绩要求比较高。
实施专项计划的重要意义：
党中央、国务院高度重视贫困地区发展，明确要求把集中连片特殊困难地区作为主战场，提高发展能力，缩小发展差距，加大高校对农村特别是贫困地区的定向招生力度。
实施专项计划是贯彻落实党中央、国务院关于新阶段扶贫宏观战略部署、促进教育公平的重要举措，是招生制度改革的重要组成部分，也是贫困地区增强自我发展能力的客观需要。