银行的最高权力机关，一般都是由股东大会行使的，这是银行的一种经营模式；而董事会则是由银行股东通过选举产生，拥有董事会过半数席位的股东大会。至于两者之间有什么不同呢？其实也是没有具体的差别。但是一般银行都会有股东大会这种组织形式。另外，不同之处还在于它属于“公司”而非“企业”，这就让普通百姓无法准确区分两者之间的差别了；而对于一些大型银行而言，它们一般都会在章程中规定“股东会或者董事会、监事会组成人员和表决方式”等。
首先，两者的性质不同。对于股份制商业银行而言，其是由我国自行出资设立的，并在国家相关部门认可下，由其负责管理与运营；而对于国有大行、股份制商业银行等其他大型银行而言，其根本属性则是由国有独资公司所控股与经营。所以就其性质而言，它属于国有独资企业。这也是国有企业体制的主要特征之一。其次，它们之间的法律关系也不同。对于国有独资银行而言，它们是由国家授权国有独资集团或总公司来控股的；对于国有独资商业银行而言，它们属于国家授权的企业组织形式；而对于股份制商业银行而言，它则属于公司性质的国有企业，属于国家进行监督管理的权力机构。所以它们在性质上可以说是完全不同了。
按照我国《公司法》的规定，公司章程有特别规定的，从其规定。而在《公司法》当中规定的普通公司股东大会、农村信用社联合社股东大会、城镇股份合作公司股东大会、私营企业股东大会、外商投资公司股东大会、农村合作银行股东大会等则适用于有限责任公司以及股份有限公司。这其中有限责任公司和股份有限公司是普通的公司类型，但农村合作银行同样是由股份有限公司组建而成的股份有限公司。所以对这些类型的国有金融机构而言，它们的权力主要是由这家金融机构的股东大会来决定。
对于股份制商业银行而言，它的最高权力机关就是股东大会，它负责对本公司的经营管理行为进行监督，同时还需要对银行运营过程中出现的问题进行监督管理。但是，如果银行出现了重大问题的话，股东大会就无权再进行监管了，因为它属于股东大会的监督机构；另外，对于银行出现重大利益冲突事件时，股东大会虽然有进行监管的权利，但如果没有董事会或者股东大会通过的话，这两个机构也就没有相应的监管职责可言。对于股份制商业银行而言，这些银行都会在章程中对他们的董事会、监事会进行明确约定，并作为董事会履行职责的依据；虽然在一些地区的商业银行里面已经没有了股东会、董事会等机构了，但是它的“章程”还是会对其进行约束的。对于这些银行而言，它们是以股份制商业为形式出现的股份有限公司（简称“股份公司”）的运行机制和管理制度比较完善；而这些股份制行就不一样了，它们都是由具有较大实力和影响的公司法人代表所组成的运营机构和管理机构；它们最大的股东就是上市公司或者企业集团等等。
虽然说股份有限公司和公司有着本质的区别，但是对于银行而言，其组织形式的设置方式也是存在一定差别的。首先，在产生方式上，国有独资商业银行和股份有限公司是可以自行设立股东会或者董事会、监事会来行使权力的。其次，在表决方式上也会有所不同。因为股权在进入公司时，它就必须经过股东大会所选举产生；而股份制商业银行则不一样了，它可能不需要通过股东大会选举产生董事会、监事会来行使权力。而且股份制商业银行还有《公司法》这种强制性规定。所以对于这些商业银行而言，它们通常都会设立股东大会这种组织形式，而董事会则可以通过直接普选来行使决策决策权了。