区别：办理城市不一样，并且签证类别不一样，一个是G，另外是L，具体如下：
国内开放到香港、或澳门个人游的城市，能申请“G”港澳通行证，就是申请下来的往来港澳签证贴纸的第一行“往来港澳签证”最后面应有字母“G”，这属于个人旅游签注签证。
国内不是开放到香港、或澳门个人游的城市，只能申请“L”港澳通行证，就是申请下来的往来港澳签证贴纸的第一行“往来港澳签证”最后面应有字母“L”，这属于团体旅游签证。
入境都是一样的，没有什么麻烦的。
证件简介
内地居民因私往来香港或澳门特别行政区旅游、探亲、从事商务、培训、就业等非公务活动，向户口所在地的市、县公安出入境管理部门提出申请。凭公安出入境管理部门签发的往来港澳通行证及有效签注前往。
内地居民前往香港或澳门特别行政区定居，向户口所在地的市、县公安出入境管理部门提出申请。凭公安出入境管理部门签发的前往港澳通行证前往。
前往香港特别行政区定居的，持证人须于罗湖口岸、深圳湾口岸、蛇口码头口岸（乘船）、福田口岸出境；前往澳门特别行政区定居的，持证人须于珠海拱北口岸出境。
大陆居民前往台湾地区定居、探亲或应邀参加经济、科技、文化、教育、学术等活动，向户口所在地的市、县公安机关出入境管理部门提出申请。凭公安出入境管理部门签发的大陆居民往来台湾通行证及有效签注前往。
往来港澳通行证未满十六周岁的有效期为5年，成年人电子往来港澳通行证有效期延长为10年，签注分为探亲签注(T)、商务签注(S)、团队旅游签注(L)、个人旅游签注(G)、其他签注(Q)和逗留签注(D)。持证人须在往来港澳通行证和签注有效期内，按照规定的次数和停留时限往来香港或者澳门。
来港澳前，必须取得内地公安部门签发有关来港澳目的签注（如团队旅游、个人旅游、商务或其他签注等）。
持中国公民有效护照经香港前往其它国家或地区的过境旅客如能符合一般的入境规定，包括持有前往目的地的有效入境证件及供海外旅游并已经确认的续程车/船/机票，可在每次入境时获准在港逗留7天而无需事先领有进入认可。
港澳通行证 团队和个人签注，所对应的签注次数等都是差不多的，最主要的区别在于前往时候是跟随团队还是个人前往，公民若跟随旅游团前往是必须办理团队签注，而个人前往就需要办理个人签注，主要根据前往性质来判断办理个人还是团队。《往来港澳通行证、签注申请须知》
（三）团队旅游签注（L）。申请赴香港，可以签发3个月一次签注、3个月二次签注、1年一次签注、1年二次签注，每次在香港逗留不超过7天；属于公安部出入境管理局规定的特别情形的，可签发3个月一次签注，每次在香港逗留不超过3天。申请赴澳门，可以签发3个月一次签注、1年一次签注，每次在澳门逗留不超过7天。
（四）个人旅游签注（G）。申请赴香港，可以签发3个月一次签注、3个月二次签注、1年一次签注、1年二次签注，每次在香港逗留不超过7天；对经批准实施多次“个人游”试点政策的城市居民，符合公安部规定条件的，可按照有关规定签发1年多次签注，每次在香港逗留不超过7天。申请赴澳门，可以签发3个月一次签注、1年一次签注，每次在澳门逗留不超过7天。
法律依据：
《中华人民共和国出境入境管理法》：
第十一条 中国公民出境入境，应当向出入境边防检查机关交验本人的护照或者其他旅行证件等出境入境证件，履行规定的手续，经查验准许，方可出境入境。
具备条件的口岸，出入境边防检查机关应当为中国公民出境入境提供专用通道等便利措施。
第十二条 中国公民有下列情形之一的，不准出境：
（一）未持有效出境入境证件或者拒绝、逃避接受边防检查的；
（二）被判处刑罚尚未执行完毕或者属于刑事案件被告人、犯罪嫌疑人的；
（三）有未了结的民事案件，人民法院决定不准出境的；
（四）因妨害国（边）境管理受到刑事处罚或者因非法出境、非法居留、非法就业被其他国家或者地区遣返，未满不准出境规定年限的；
（五）可能危害国家安全和利益，国务院有关主管部门决定不准出境的；
（六）法律、行政法规规定不准出境的其他情形。
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