人间界中，祖巫好战，共工与祝融不知何故在不周山大战，双双身殒，其间共工怒触不周山，天柱断，顿时天塌地陷，天火从天而降，天河倒灌，女娲补天，所用的五彩石碎片落于洪荒之中（该五彩石碎片吸收日月精华后，孕育出孙悟空，投奔于菩提祖师门下，成为佛门斗战胜佛，此乃后话）。巫族剩余十祖巫（帝江、句芒、蓐收、烛九阴、强良、奢比尸、天吴、弇兹、玄冥、后土）。
东皇十子犯过天条，十日齐出游历太古洪荒大地，生灵涂炭。随后由于东皇责罚过轻，大巫夸父不满，行逐日之事，东皇十子杀夸父。
大巫夸父被杀后，大巫后羿大怒，举部落之力，加以巫族各种秘术，造箭射杀九只金乌。
后羿射杀九只金乌后，被妖族杀死。双方矛盾日益激化。东皇第十子取夸父、后羿精气于一葫芦，是为斩仙飞刀。（后来，在封神一战中，东皇第十子化为陆压道人，大放异彩） 巫族有剩余十祖巫（共工与祝融在不周山陨落），以及大量太古洪荒大巫（九凤、蚩尤、刑天、相柳、于儿、禺虢等等），一同杀上太古洪荒天庭。
妖族有东皇太一（执掌混沌钟），以及众多太古洪荒妖神（十大妖圣：计蒙、英招、白泽、飞诞、飞廉、九婴、呲铁、商羊、钦原、鬼车），凭借周天星斗大阵、混元河洛大阵守护天庭。
女娲由于身为圣人，不可逆了天数，故未插手妖巫之争。
其中，帝江遭仙道围攻而殒。巫族剩余九大祖巫（句芒、蓐收、烛九阴、强良、奢比尸、天吴、弇兹、玄冥、后土）。
经此一战，其余祖巫陨尽，玄冥修为最强，与太一同归于尽，妖巫俱殒。若干上古妖族身亡，剩余有的躲藏起来，有的归附玄门（如灵宝道君所创截教，被尊称为通天教主），巫妖两族由此势弱。大战过后，巫妖两族彻底失去了争霸洪荒的实力，被迫退出历史舞台。人族在三皇治世，五帝为君后兴盛，开始了称霸洪荒的时代。
修改版本：
妖族有东皇太一（执掌混沌钟）、帝俊、羲和、望舒、妖师鲲鹏，以及众多太古洪荒妖神（十二妖神：商羊、陆吾/开明兽、计蒙、英招、白泽、穷奇、甪端、钦原、鬼车、毕方、九婴、重明鸟），凭借周天星斗大阵守护天庭（后期洪荒小说大多设定女娲心系妖族，五圣围堵娲皇宫）。
剩余十大祖巫、大巫九凤和另一位强横古大巫一同，运转十二都天神煞大阵，对抗妖族摆下的周天星斗大阵，以阵破阵。由于十二祖巫没有聚齐，无法凝聚出接近于天道圣人肉身出手的威力，而东皇太一又执掌东皇钟（混沌钟），帝俊执掌屠巫剑（戮巫剑：巫妖战前，羲皇遭祖巫围杀身陨，娘娘取混沌魔神伏羲尸首，在炼天炉中炼制而成），巫妖双方斗了个旗鼓相当。众大巫也与众妖族众人捉对厮杀。
最终，双方发死力，双双破败，众祖巫合身自爆，与东皇太一、帝俊等人同归于尽。其中，妖师鲲鹏偷取河图、洛书，逃之夭夭。
经此一战，太一、帝俊与祖巫俱身损，妖神、大巫死伤无数。剩余残存者有的隐退躲藏，有的散落洪荒星辰之中迷失方向。许多巫族残存者退隐幽冥地府，妖族残存者退守北俱芦洲。巫妖两族由此势弱。两族同归于尽，自此没落，人教大兴。 各教兴起
巫妖大战后人族大兴，各个天道圣人遂开派立教。太上老君所创的人教、元始天尊所创的阐教、通天教主所创的截教兴起。三清继承盘古大弟子名号，是为亲传弟子，三清各自所创的人教、阐教、截教合在一起称为盘古正宗，也称玄门，后统称道教。接引道人演沙门，立西方教，接引道人即为佛主阿弥陀佛，准提道人则为佛母菩提祖师（与女娲关系非同一般，如收孙悟空为弟子、借山河社稷图共同培育三千佛陀等）。女娲的妖教则随巫妖大战泯灭（巫妖大战死伤无数，幸存的妖族中人大部分散落于洪荒星辰之中）。
巫妖大战后，东皇太一陨落，天庭无主，三清推举鸿钧身边童子（昊天）为天庭玉帝、童女（瑶池）为天庭王母。
涿鹿之战
人间界仍有大巫部落，视妖族、人类为一族（人为女娲所造，加上老子抢分人道、强立人教之前，人道妖道，合为一体，曾加入妖族大军攻打巫族），仍大战不休。九黎部落蚩尤举部落之力，以巫族秘术造十二都天神煞大阵，欲聚十二祖巫之灵为己所用。但人教大兴，轩辕拜师于广成子（广成子为阐教十二金仙之首），广成子助轩辕对抗蚩尤（又有昊天天帝派九天玄女赠送天书），灭其部落，轩辕遂为人皇。
刑天舞干戚
人教大兴，轩辕黄帝屡屡得胜。蚩尤战败，巫族众人痛苦不堪。由于轩辕战蚩尤时，昊天天帝派九天玄女赠送天书支援，于是大巫刑天一怒之下欲伐天庭，逆天而行。刑天大战昊天天帝，被昊天天帝一剑斩下头颅，不料刑天怨念太深，冲天的暴戾之气吓跑了昊天天帝。
人族算计
由于九凤乃祖巫强良胞妹，巫族残余势力以九凤为首。随后，人巫两族主张以和为贵，不料巫族首领九凤被颛顼偷袭算计，中了轩辕剑后重伤，逃进了洪荒星空。在洪荒星空中，九凤恢复伤势，更炼化了三颗太古星辰（七杀、破军、贪狼）。随后打算回到洪荒人间，杀死转世的颛顼，以报被辱之仇。至此，巫族、妖族两族彻底销声匿迹，不复存在。
………龙系的大统领女娲，在进化途径上完成了突破，龙系化半人身，然后转成人系修真成能沟通天地的人，这种能沟通天地的人便是巫级生命。上五千年时，女娲升级了其地盘上的智人，成为了全意义的人系，开始承接龙系的文明，成为龙系的转人升级进化替代———龙的传人时代开始。龙的传人里出巫级生命，龙与巫组成了龙汉势力，巫就是汉，汉的成长，改变了龙凤的力量对比，五千年时，龙汉一统了天地，建立了天地的权力中心天府，麒麟与凤的高端被拉进了天府的组成中，汉有独立权力中心中土华阳，汉主政华阳的时代为中华时代。天府时期，天地之主是女娲(中皇山)，副总是西王母与东皇(金乌)，谁统天地谁为中，中西东代表龙麒麟凤。天地分离，华夏出自中华，华夏时代开始。封神，天府升级成天庭，女娲退位，让位于玉帝，玉帝出自龙汉的汉，天地的副总仍然是西与东，东皇因玉皇上位(玉帝辈分低)而改东王公。西天，凤系的中端势力(孔雀级)，龙凤大劫站错了队的原因，天府时期因而排除在体制之外无编制，在野。
………神也是不断升级的，一代，神兽级，也就是统称为龙凤麒麟的天系生命，顶级的天系才会进化成祖龙元凤始麒麟态，这种进化遥遥无期，平常级类同地系的爬行鸟类哺乳，彼此区别不大。二代，地系本相加半人身，蛇尾人身(龙)，鸟人带翅膀(凤)，狼头人身豹尾人身(麒麟)。…一代二代都为妖级，三代是巫级，四代是仙级。……五代是放弃物质身的妖级成为的地仙级，六代是放弃了物质身的仙级，成就的神仙级(天人)。
………巫级生命的存在，从祖巫到大禹。天系的转人技术把持在女娲手中，只在龙系地盘上实施———修真。所以巫级只出自华夏，是华夏的先祖级。天地一统后，转人升级向麒麟与凤系开放，但只在华夏完成，华夏由龙的传人升格为神(龙凤麒麟)都为先祖。玄鸟生商，玄鸟就代表凤系，此时已是仙级时代。封神后，整个的人族，才都成了众生的进化替代，不只替代天系，还替代地系，修真选项删除改为六道道转。
………逐日射日就属于巫妖之战，巫妖之战属于龙凤大劫组成，归在龙凤麒麟大争。射日是统天地的定鼎之战，凤系没扛动羿的射九日，龙汉取得了组阁的胜利。九日代表凤系的九位大能，也或者是双方对决的九场战役。有了天地体制的建立(天府)，才有了体制下的官凭，于是也才有了体制下的帝后级。帝级管天，后级管地，帝后级类同天庭时代的四御级，是天地的二级权力。天地一统，羿挂后级衔，羿就是后羿，管的是西的地，中的地是后土在管，东是后稷。天地分离后，地由后土统管。封神，后土成四御之一。巫级出身的生命，在天庭时代还混体制的，在体制中，都已经是高层的存在了。