要想回复这个问题，首先需要搞清楚退休金和哪些因素有关。影响退休金因素主要有社保缴费基数、社保缴费年限、退休当地全口径均匀工资等。那么，个人缴纳和企业缴纳两种不同缴费规则下，退休金的差异是必然的。
一、企业和个人缴纳社保，分别属于两种不同的缴费方式，缴费基数不同，退休金自然不一样。
我国有明确规定，自劳动者与企业建立劳动关系之日起，企业就应该为劳动者缴纳社保。
职工社保由所在单位代扣代缴，企业代为缴纳的社保属于城镇职工社保。职工社保有企业和职工按照一次的比例共同负担，统筹部分的费用由企业承担，其中职工养老保险比例为16%，而个人负责个人部分费用，个人缴费比例为8%。相对于城镇职工社保来说，个人缴纳社保分为两种形式，其中包括城镇职工社保，以及城乡居民社保。
所以，这两种形式的缴纳社保，不但缴费期不同，连缴费基数也存在较大差距，造成的退休金数额自然也就不一样了。
二、由于缴纳社保比例的不同，除非个人缴费基数远高于企业，否则退休金难以持平。
以灵活就业人员身份缴纳社保，也可以跟企业缴纳社保一样，选择缴纳城镇职工社保。但是由于两者缴纳社保的比例不同，导致出现比例上的差异。有固定工作单位的在岗职工，所缴纳的社保分由单位和个人按照一定比例缴费。其中单位缴费部分记入统筹账户，而个人缴费部分记入个人账户。
灵活就业人员个人缴纳的社保，没有区分单位和个人缴费部分，所有的社保费用全部由参保人个人承担。
但是从缴费比例来看，企业缴纳社保的比例相对于个人缴纳社保而言较高。企业缴纳社保单位缴费比例为20%，个人缴费为8%，合计企业缴纳社保比例为28%。而个人缴纳社保有12%记入统筹账户，个人账户记入8%，所以个人缴纳社保的缴费比例总计为20%。在这种情况下，企业缴纳社保和个人缴纳社保，两者之间就存在8%的差异。
也就是说，除非个人缴费基数远高于企业，否则退休金难以持平于企业职工。
三、缴费年限相同，缴费基数不同产生以下差异有多大？
分别采用企业和个人两种方式缴纳社保，缴费年限相同，由于缴费基数不同，结果会产生以下差异。假设不考虑其它因素，比如过渡性养老金，个人账户利息增长率，以及物价上涨导致通货膨胀对退休养老金造成的影响。
假设有A、B、C三名职工，同为缴纳城镇职工社保，其中A职工由企业代扣代缴社保，B和C职工以个人形式缴纳社保。三人缴费年限均为15年，15年的加权年均全口径平均工资为5000元，A职工年均基本工资为5000元，B职工选择5000元的档次缴纳社保，C按3000元的档位缴纳社保。
三个人所在地上年度在职职工平均工资为10000元。而基本养老金金额，是基础养老金和个人账户养老金的总和。企业缴纳社保个人账户累计储存额，等于缴费基数乘以8%乘以12再乘以缴费年限。个人缴费成本等于缴费基数乘以选档比例，乘以20%乘以12再乘以缴费年限。
A职工领取的养老金为1500+369=1869元/月，个人缴费成本：5000*8%*12*15=72000元。
B职工领取的养老金为1500+369=1869元/月；个人缴费成本5000*20%*100*12*15=180000元；
C职工养老金：1200+222=1422元/月；个人缴费成本：5000*20%*60%*12*15=108000元。
通过对三位职工的数据分析，可以看到三人缴费年限相同，实际缴费金额，以及实际领取的退休金额也产生不同程度的差异。
综合以上所述，分别以企业和个人两种形式缴纳社保，就算缴费年限相同，但是由于缴费基数以及所在地上年度在职职工平均工资不同，职工退休养老金实际金额差距较大。