南宋是被元朝消灭的。
公元1127年，靖康之变后，宋徽宗第九子康王赵构幸免于难，定都南京应天府，国号仍为宋，史称南宋。
1235年蒙古入侵南宋，南宋军民拼死抵抗，直到1276年临安府被攻占，1279年崖山海战宋军战败，陆秀夫背着宋末帝赵昺跳海而亡，南宋覆灭。
南宋在政治、军事等诸多领域都沿袭北宋。在中央地方权力、官僚机构、司法、军权等方面加强中央集权的一系列措施，军事上在招收溃兵和勤王之军等基础上，开始军事重建之路，最终形成几支较强大的军事力量，于是有了岳家军、韩家军的出现。
南宋虽偏安于秦岭淮河以南，却是中国历史上经济、文化昌盛，对外开放程度较高的王朝。南宋灭亡的直接原因是漠北游牧民族对宋朝农业生产关系的毁灭性打击。
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元朝（1271年—1368年），是中国历史上首次由少数民族建立的大一统王朝，统治者为蒙古孛儿只斤氏。传五世十一帝，从1206年成吉思汗建立蒙古政权始为162年，从忽必烈定国号元开始历时98年。元朝退出中原后的北元政权一直持续到1402年。
1206年，成吉思汗统一蒙古各部，建立大蒙古国。先后攻灭西辽、西夏、花剌子模、金朝等政权。蒙哥汗去世后，引发了阿里不哥与忽必烈的汗位之争，促使大蒙古国分裂。1260年忽必烈即位称帝，建元“中统”，定都开平府（上都）。1271年，忽必烈取《易经》“大哉乾元”之意改国号为“大元”，次年定都大都。
1279年，彻底灭亡南宋流亡政权，结束了自唐末以来长期的混乱局面。之后元朝持续对外扩张，进攻日本、缅甸、越南、爪哇等，但均遭失败。元朝中期皇位继承紊乱、政变频繁，政治始终未上正轨，而且汉化迟滞，发展不前。后期政治腐败，权臣干政，民族矛盾与阶级矛盾日益加剧，导致元末农民起义。
1368年，朱元璋建立明朝，随后北伐驱逐元廷攻占大都。此后元廷退居漠北，史称北元。1402年，元臣鬼力赤篡夺政权建立鞑靼，北元灭亡。