1、性质不同：免税店是经海关总署批准，由经营单位在中华人民共和国国务院或其授权部门批准的地点。设立符合海关监管要求的销售场所和存放免税品的监管仓库，向规定的对象销售，供应免税店的商品。而专柜是商店内以一项或几项独特商品为特色的柜台或售货部，一般是以柜台的方式单独存在。
2、服务对象不同：免税店主要面向因公出国人员、远洋海员、华侨、外籍华侨、港澳台同胞、出国探亲的中国公民及在国内的外国专家等，专柜是面向所有的人。
发展状况
经国务院批准，决定自2016年2月18日起，增设和恢复口岸进境免税店，合理扩大免税品种，增加一定数量的免税购物额。
具体来看，此次将在广州白云、杭州萧山、成都双流、青岛流亭、南京禄口、深圳宝安、昆明长水、重庆江北、天津滨海、大连周水子、沈阳桃仙、西安咸阳和乌鲁木齐地窝堡等机场口岸，深圳福田、皇岗、沙头角、文锦渡口岸，珠海闸口口岸，黑河口岸等水陆口岸各设1家口岸进境免税店。
2019年5月17日，中国财政部、商务部、文化和旅游部、海关总署、国家税务总局印发《口岸出境免税店管理暂行办法》，规范管理口岸出境免税店。
以上内容参考来源：百度百科-专柜
以上内容参考来源：百度百科-免税店
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