第一部 01：新生 02：对决 03：交易 04：追踪 05：策略 06：破绽 07：阴天 08：视线 09：接触 10：疑惑 11：突入 12：恋心 13：告白 14：朋友 15：赌博 16：决断 17：执行 18：同伴 19：松田 20：姑息 21：活跃 22：诱导 23：狂骚 24：复活 25：沉默 26：再生 第二部 27：绑架 28：焦躁 29：父亲 30：正义 31：转让 32：选择 33：嘲笑 34：虎视 35：杀意 36：1.28 37：新世界
第一部 基拉vs L “名字被写进这本笔记本的人就会死。”——拿到这本由死神琉克(Ryuuku)所掉落的死亡笔记的人是日本高中生——夜神月（Yagami Light）。月将世界上犯罪者的名字一个个写进笔记本，相信这样的行为是正义，发誓要成为一个没有犯罪的新世界的神。发现有人在制裁犯罪的民众，开始称呼这位制裁者为“基拉”。 另一方面，察觉到基拉出现的ICPO（国际刑事警察组织Interpol）委托一个名为“L”的侦探来调查基拉事件。L是唯一能动员全世界警察的人，世界上很多陷入胶着的案件都是由他查出。他的基本资料没有人知道。认为基拉是“罪恶”的L，用巧妙而大胆的方式证明出“基拉你就在日本关东地区”，在日本设立搜查总部挑战基拉。基拉和L，从此为了揭露彼此的真面目，也为了彼此的正义互相对立。 第二基拉 以榜首身份考进了大学的夜神月，遇到了以流河旱树的身份出现，同样是榜首的L。L利用巧妙的技巧引诱月，希望能和月一起搜查，藉以分析月的行动。 就在同一段时间，电视台收到了基拉寄出的影带。L和月在看了影带后，都推论“第二基拉”的存在。追捕者和被追捕者共同进行搜查，一场缜密的心理战就此开始…… 第三基拉 被L追到穷途末路的夜神月，利用死亡笔记的特性，构思了起死回生的对策。在被L监禁的时候，月特意放弃了笔记本的拥有权。于是，失去了和笔记本有关“一切记忆”的月便和L共同搜查。随后发现了新的死亡笔记所有者跟大企业“四叶”有所关联。 成功潜入了四叶本部后，判断指示基拉杀人的是“8人干部”。因发现潜藏在里面的第三基拉可能有其他的帮手，搜查本部打算对有嫌疑的人设下陷阱。 L被杀 恢复记忆后的夜神月，设局利用死神雷姆（Rem）相信“如果L不死，海砂（Amane misa）就会有危险”逼雷姆动手杀死L，自己就成为了第2代L，同时拥有基拉跟L的双重身份。 第二部 诱拐事件 世界的舞台转移到夜神月以计策害死L过后5年（最后却设定在4年后，是作者的失误）。 大学毕业后的月，继承了L的身份而活动。事实上，他暗地中同时完美地扮演着追捕基拉的L和杀害犯罪者的基拉双面角色。赞同基拉行为的国家开始出现，世界朝着基拉理想中的“新世界”前进。 但就在月的面前，出现了两个继承L意念的少年。一个是加入黑手党的梅洛(Mello)，诱拐了警察厅的长官，要求搜查本部以死亡笔记来交换人质。为了解决事件，月以L的身份请求FBI长官的帮助。但与之回应的却是自称为L的后继者的少年尼亚（Near）……这三个人，为了彼此的信念，展开了激烈的对战。不久，月的妹妹妆裕被梅洛掳走，对方要调查总部用死亡笔记来交换…… 第四个基拉 尼亚的搜查手段，一个个地逼近夜神月。 害怕海砂的行为会暴露出什么的月，把笔记本交给对崇拜基拉且以基拉为神的魅上照，由他代为制裁犯罪者。魅上将污染基拉思想的出目川仁用死亡笔记杀死后，选择过去月大学时代的女朋友，高田清美作为新的“基拉代言人”。 终于就连SPK（Secret Provision of KIRA，由尼亚为主，和L无关的基拉对策组织）之外的搜查本部成员也开始怀疑月，月受到SPK和本部成员双方的监视。但是，月成功透过清美作为“魅上的联络人”，将讯息传达给魅上。另一方面，准备好和基拉决战的Near，将海砂绑走，说出要“和基拉对决”的宣言…… 夜神月之死 在最终一步估计错误，被发现是基拉后的夜神月，尝试游说众人，但被尼亚反驳了。月决定用死亡笔记的纸张杀死尼亚，但被松田桃太开枪阻止，在月做最后挣扎时，将其击至重伤。在旁边的琉克，将已经没有利用价值的月写入笔记，结束了在人间界寻找乐趣的过程，回去了死神界。 世界的模样 世界的舞台转移到夜神月被杀死过后1年。 基拉死后，世界回到没有基拉，靠法律维持的世界。而在世界的某个山头，群众举行某种仪式，希望基拉可以再次回来。（这个镜头并没有出现在动画里）
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