物理诱变是利用超声波、高温、激光、各种射线包括紫外线、X射线、γ射线、快中子、α射线、β射线等物理因素诱导真菌发生变异的方法。其中应用较普遍的有应用γ射线、紫外线、X射线等辐照育种，如太空育种灵芝。中国医学科学院药用植物研究所研究人员于1999年11月，利用“神舟1号”宇宙飞船搭载灵芝菌种，在封舱和开舱过程中均得到北京市公证处的公证。经过多年的研究，采用传统生物技术和分子生物学及空间育种技术相结合，探明空间环境对灵芝的生物学效应，经对神舟飞船搭载灵芝多年的栽培试验，选育出高产优质的太空新菌株，其子实体产量比对照增长15%左右。开展搭载灵芝与地面对照在生物学特性、生理、生化、遗传性状、成分含量等方面的研究，并对各基因组DNA进行了AFLP指纹比较，表明搭载灵芝菌株基因发生了变异，其中灵芝三萜酸成分比对照高10倍多。该项研究填补了药用真菌空间育种的空白。