九江职业技术学院和九江职业大学在性质、学科设置和办学层次上存在显著的差异。
首先，九江职业技术学院主要侧重于职业技能的教育，以培养学生具备特定职业所需的技术和知识为目标。而九江职业大学则更注重理论知识和学术研究，旨在为学生提供更广泛的学科知识，培养其独立思考和解决问题的能力。
其次，两所学校在学科设置上有所不同。九江职业技术学院主要提供职业教育，涉及的学科领域相对较窄，主要集中在一些特定的行业和技术领域。而九江职业大学的学科设置更广泛，涵盖了多个学科领域，为学生提供更多的选择和学习机会。
再者，办学层次也存在差异。九江职业技术学院主要提供专科和高职层次的教育，而九江职业大学则提供本科层次的教育，为学生提供更深入、更系统的学习体验。
综上所述，九江职业技术学院和九江职业大学在性质、学科设置和办学层次上均有所不同，学生可以根据自己的兴趣、职业规划和学习能力，选择适合自己的学校。