北京三级甲等医院有：
1. 北京大学第一医院
2. 首都医科大学附属北京天坛医院
3. 北京协和医院等。
解释如下：
北京大学第一医院：简称“北大医院”，是北京大学所属的大型综合性三级甲等医院。该医院医疗技术先进，学科齐全，拥有多个国家级重点学科和研究中心。
首都医科大学附属北京天坛医院：是一所集医疗、科研、教学为一体的综合性三级甲等医院。以其神经学科和神经外科闻名于世，同时也是多个国家级医学研究中心的所在地。
北京协和医院：是中国最早成立的医学综合大学之一，也是中国最具权威的三级甲等医院之一。其历史悠久，学科优势明显，尤其在疑难重症的诊治方面享有很高的声誉。该医院在多个医学领域都有卓越的贡献和突破。这三家医院都是北京地区最具代表性的三级甲等医疗机构，承担着重要的医疗、教学和科研任务。除了上述医院外，北京还有许多其他三级甲等医院，如中国人民解放军总医院等，都在各自的领域具有显著的优势和特色。