目前设置有制药工程专业的高校分成五类：理工类大学，综合性大学，医药类院校，高等专科学校，其他类型高校（如农学院、商学院等）。设置制药工程专业最多的是理工类大学，其次是综合性大学，然后是医药类院校。在这些设置制药工程专业的高校中，设有药学院系的高校约占30%左右，而设置工科院系的高校占60%以上。虽然制药工程专业是工科专业，需要有较强的工科办学背景，同时也要求设置制药工程专业的学校应该具备一定的药学方面的教学与研究基础。
现在综合性大学基本上有这个专业研究生，好一点的学校有： 西北农林科技大学 华东理工大学 天津大学 浙江大学 兰州理工大学 中国药科大学 沈阳药科大学 广东工业大学 青岛科技大学 江南大学 广东药学院 沈阳化工学院 成都中医药大学 云南中医学院 上海应用技术学院 河北科技大学 太原理工大学 辽宁中医学院 长春中医学院 佳木斯大学 哈尔滨商业大学 河北农业大学江苏大学 南京中医药大学 安徽中医学院 江西中医学院 山东中医药大学 武汉工程大学 湖南理工学院 湖北中医药大学 华南农业大学 西南农业大学 北京中医药大学 广州中医药大学 吉林大学 吉林农业大学 内蒙古农业大学 吉林医药学院 北京化工大学 北京科技大学 中央民族大学 合肥工业大学 山东大学 华南理工大学 华侨大学 西南大学 四川大学 河北工业大学 南京工业大学 浙江工业大学 浙江科技学院 南京理工大学 吉林化工学院 天津科技大学 天津商业大学 齐齐哈尔大学 黑龙江中医药大学 东南大学 徐州师范大学 岳阳师范学院 贵州大学 江苏石油化工学院 安徽理工大学 福州大学 山东轻工业学院 莱阳农学院 福建农林大学 武汉理工大学 湖北工业大学 湘潭大学 武汉工程大学 武汉工业学院 四川理工学院 西南民族大学 黑龙江大学 淮阴工学院 浙江科技学院 黑龙江八一农垦大学 台州学院 泰山医学院 湖南师范大学 湖南科技学院 湖南科技大学 怀化学院 云南大学 西安理工大学 陕西科技大学 西北师范大学 西北民族大学 皖西学院 河南科技大学 河南科技学院 河南中医学院 河南工业大学 四川农业大学 西华大学 南昌大学 武汉工程大学 武汉生物工程学院 西南科技大学 武汉理工大学华夏学院 皖南医学院 中北大学 黄山学院 淮阴工学院 哈尔滨理工大学 常州大学 南京中医药大学
追问谢谢啦，不过你列了这么多学校，叫我很难抉择呀！