1．把农村义务教育全面纳入公共财政保障范围。
公共财政保障范围。义务教育是公民的一项基本权利，其经费主要由公共财政负担，这是保障公平就学机会的基本手段。针对教育经费总量不足的现实，我国确立了农村义务教育在公共财政中的优先地位，切实发挥了公共财政资金在配置农村义务教育资源中的绝对主体作用。将农村义务教育全面纳入公共财政的覆盖范围和保障系统，通过合理地划分财权与事权，从体制设计上保证财政资金的投入，并提高资金使用效率，这对全面提高农村义务教育事业发展水平具有十分重要的意义，是在穷国办大教育的背景下提升公共财政资金效率和良好社会效益的重要战略举措。在这次改革中，纳入公共财政保障范围的具体项目包括：(1)全部免除农村义务教育阶段学生学杂费，对贫困家庭学生免费提供教科书并补助寄宿生生活费；(2)提高农村义务教育阶段中小学公用经费保障水平；(3)建立农村义务教育阶段中小学校舍维修改造长效机制；(4)巩固和完善农村中小学教师工资保障机制。据测算，实行农村义务教育经费保障新机制后，“十一五”期间中央与地方各级财政将累计新增农村义务教育经费约2182亿元，其中中央新增1254亿元，地方新增928亿元。这些资金的注入，将使我国农村义务教育经费得到长期有效的保障，推动农村义务教育事业健康协调稳步发展。
2．建立了中央和地方分项目、按比例分担的机制
在数年前我国经济基础还十分薄弱的情况下，我国农村义务教育实行了“以县为主”的管理体制。这种管理体制在投入方面不对称的财权和事权，导致了教育经费分担与投入保障机制的不合理，长期以来成为农村义务教育经费短缺、整体发展迟缓的体制性根源。尤其在税费改革之后，财政收入重心上移，中央财政占全国财政收入大约50%左右，比重显著提高。再加上省级财政的收入，所占比重已经超过了60 %，而县、乡财政收入比重一般只在15 %左右，但却承担了大部分农村义务教育经费投入的责任。中央财政和省财政在义务教育投入中严重缺位，实际上是一种严重的“不作为”表现。据统计，2004 年全国财政预算内农村义务教育拨款为1326 亿元，其中中央财政对地方转移支付的教育补助专款约为150 亿元左右，仅占全国财政预算内义务教育经费总支出的11. 31 %。这种政府间财力与义务教育事业责任的不对称，使脆弱的县级财政负担沉重，许多县的财政因此成为“吃饭财政”、“赤字财政”，义务教育投入欠账十分严重，最终导致农村义务教育发展十分迟缓。如果不改革现行的行政、财政体制，尽快建立起相对均衡化的一般性中央财政转移支付制度，那么经济落后地区义务教育经费短缺问题将不断持续下去，广大农村经济发展的滞后与县乡财政的困难最终将断送农村义务教育事业。为此，这次改革从明确各级政府责任入手，建立了中央与地方分项目、按比例分担的经费保障机制。在资金的总体安排上，体现了“中央拿大头”的原则。对免除学杂费和提高公用经费保障水平资金，在中央与地方的分担比例中，西部地区为8：2，中部地区为6：4，东部地区除直辖市外按照财力状况分省确定。对校舍维修改造资金的分担比例，中西部地区为5：5，东部地区主要由地方承担，中央给予适当奖励。对贫困家庭学生提供免费教科书的资金，中西部地区由中央全额承担，东部地区由地方自行承担。对寄宿生补助生活费资金，由地方承担。这一机制初步达到了财权与事权的相对契合，同时也使公共财政恢复了它为义务教育等公共事业服务的本来功能。
3．实行了省级政府统筹落实、管理以县为主的制度。
在农村义务教育经费投入体制改革中，我国财政管理体制走出了一个重心逐步上移的发展轨迹，公共财政转移支付的功能逐渐得到加强。传统上，乡镇政府和农民承担了农村义务教育的主要责任。农村税费改革后，国家对农村义务教育体制进行了重大调整，教育管理主体由乡镇政府上移到县级政府，经费来源从以农民为主转向以财政为主，主要由地方财政在中央核定的财力范围内自主安排经费。2005 年全面废除农业税后，县级财政收支及义务教育收支结构发生了很大变化，义务教育支出占县级财政支出的大头，挤占了对科技、文化、卫生、社会保障、工业经济、支农等方面的投资，严重影响了县域经济的健康稳定发展。特别是“农业五税”被取消之后，农村义务教育筹资渠道狭窄单一，主要依赖于县级财政预算内资金投入，“以县为主”的农村义务教育财政管理体制日益暴露其弊端。2006年国务院确定实施新机制以后，对农村义务教育实行“经费省级统筹、管理以县为主”的体制，由省级政府负责统筹落实省以下各级政府应承担的经费，制定地方各级政府的具体分担办法，完善财政转移支付制度，以保证中央和地方各级农村义务教育经费保障机制改革资金落实到位。同时，推行农村中小学“校财局管”，建立农村中小学预算编制、资金支付管理等制度，加强对农村中小学的财务管理，强化监督检查，切实提高了资金使用效益。
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