可以分为无机物污染、有机物污染和生物污染。
1）无机物污染；包括：铵盐和磷酸盐污染，导致水体富营养化，其中水中的氨氮污染可以通过生物法去除，而磷污染很难用生物法完全消除，因此目前大力提倡使用无磷的洗涤剂。此外，砷也导致水体的污染，铅、锌、铜、铬、镉、钒等金属离子也导致水体的污染。
2）有机物污染；导致水体污染的有机物很多很多，多数的药物企业、造纸企业、柠檬酸企业和鞣革企业都会有大量的有机废水排放，污染物的种类千差万别，毒性也各有不同，其中造纸主要排放木质素等污染物。农业生产中滥施尿素也导致了水体的尿素污染。
3）生物污染；导致生物污染主要是味精工业排放的大量含有菌体的废水，以及畜禽养殖业排放的高氮磷和菌密度的废水，后者是目前废水处理中的老大难问题。
其他还有人按照排放源来分类水污染，比如居民生活排水的污染、工业废水污染、农业（畜牧）废水污染，等等等等。
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