法律分析：因交通事故住院新农合是不会报销的，只能是由肇事者负责任赔偿。因为依据相关规定，应当由第三人负担的医疗费用，不纳入基本医疗保险基金支付范围。如果符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。机动车发生交通事故造成人身伤亡、财产损失的，由保险公司在机动车第三者责任强制保险责任限额范围内予以赔偿；不足的部分，按照规定承担赔偿责任。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第三十条 下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围:（一）应当从工伤保险基金中支付的；（二）应当由第三人负担的；（三）应当由公共卫生负担的；（四）在境外就医的。医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。