苹果轮纹病既侵染枝干，又侵染果实，而枝干发病与果实发病有极为密切的关系。因此，在防治中要重视枝干轮纹病的防治。加强肥水管理，清除病残体，喷药保护枝干和幼果，采后低温贮藏是防治轮纹病的关键措施。
（1）农业防治：秋冬季果树落叶后，及时清除果园内的残枝落叶，剪除病虫枝，集中烧毁或深埋。加强栽培管理，提高树体抗病力，科学合理的栽培管理措施是防治苹果轮纹病的根本。苗圃应设在远离病区的地方，培育无病壮苗；建园时选用无病苗木，定植后经常检查，发现病苗及时淘汰；幼树整形修剪时，避免使用病区枝干作支柱，也不能将修剪下来的病枝干堆放在果园附近；加强肥水管理，氮、磷、钾平衡施用，并增施有机肥、三元复合肥及微肥等，于花期前后喷施硼、钙等微量元素，以满足果树生长的需要，使树体均衡生长，增强苹果树对病虫害的抵抗能力；果树生长期间及时疏除徒长枝、下垂枝、过密枝、病虫枝、病虫果等，根据树龄树势确定合理负载量，以增加冠层通风透光程度，从而增强树势，提高果树抗病虫害能力。
（2）药剂防治：合理用药，掌握施药时期和次数可有效提高防病效果。发芽前刮治树干上的病瘤及老翘皮，在刮过的树干上涂抹石硫合剂或生石灰等药剂铲除潜伏病菌或控制病斑扩展，保护枝干，可用药剂有多菌灵、丙环唑、多戊醇（福连）。生长期的有效药剂有：甲基硫菌灵、代森锰锌、代森联、代森铵、戊唑醇、亚胺唑、氟硅唑、克菌丹、吡唑醚菌酯、嘧菌酯等。从落花后10天左右开始，到7月或8月上中旬是主要的用药时期。在这段时间内，重视“雨后喷药”是药剂防治关键，同时晚熟品种可适当增加喷药次数。此外，必须注意采前和采后应选择不同类杀菌剂交替使用，避免病菌产生抗药性和适药性。在一般果园，可以建立以波尔多液为主体、交替使用有机杀菌剂的药剂防治体系。波尔多液有耐雨水冲刷、保护效果好的特点，但在幼果期（落花后30天内）和果实生长后期禁止喷施波尔多液，提倡用代森锰锌（喷克）等保护性杀菌剂与甲基硫菌灵等内吸性杀菌剂交替轮换使用或混合使用。雨季喷药最好加入害立平、助杀、平平加等助剂，以提高药剂的黏着性。需要注意的是，福美砷用于无公害果品生产。
（3）套袋防病：苹果应在生理落果后或疏果后进行套袋。对于不易产生果锈的中晚熟红色品种，如红富士、新红星、新乔纳金等，于6月初进行套袋比较适宜。对于金帅等黄绿色品种，谢花后10天左右开始套袋。套袋前果园应喷1次甲基硫菌灵等杀菌剂，待药液干后即可套袋。套袋后果实在袋内生长，受果袋的保护，不仅预防轮纹病等果实病害，而且使果实光洁度好，不受污染。套袋后应加强对叶片、枝干病害的防治。一般果实着色期（采收前30天左右）开始脱袋，脱袋后应根据果实上病害发生情况决定是否施药以及用药次数。（4）生物防治：在苹果整个生长期喷施绿康威3～4次可收到较好防病效果。4月中下旬，苹果萌芽期开始喷洒，压低菌源；5月上中旬喷施，可减少落花后烂果；6月中旬喷施，能促进幼果的生长，减少病菌对果实的侵染；7月中旬喷施，可减少病菌对果实及叶片的危害。使用苦小檗碱杀菌剂实行主干病斑涂抹、幼枝病斑喷雾防治，对苹果轮纹病有较好防效。由木霉、荧光假单胞菌组成的复合生物制剂可有效抑制苹果轮纹病菌的生长，田间试验表明，复合制剂防治苹果轮纹病相对防效可达84.2%；与波尔多液交替喷施，防效与化学农药无显著差异，并可增加百果鲜重；用以浸果可以减少贮存期烂果病的发生。（5）贮藏期防治：苹果园果实开始发病后，注意摘除病果深埋。准备贮藏运输的果实，应严格剔除病果以及其他有损伤的果实。应在低温下贮藏，0～2℃贮藏可以控制病害发生；5℃贮藏基本不发病。将健果在仲丁胺中浸3分钟或在特克多中浸3～5分钟，捞出晾干后入库，或用仲丁胺熏蒸剂处理果实，均可有效控制贮藏期烂果。许多具有拮抗作用的细菌如芽孢杆菌、假单胞杆菌，小型丝状真菌如哈茨木霉和酵母菌等微生物对贮藏期苹果轮纹病具有明显的抑制作用。