从T.reesei中分离和鉴定了一种新的基因 TrCCD1，涉及类胡萝卜素代谢，有助于T.reesei分生孢子和菌丝的生长发育。通过ccdO和ccdP两种突变类型（类胡萝卜素裂解双加氧酶）与亲本的比较，分析了该基因的功能。利用特异性引物T-DNA插入真菌基因组进行测序，使用CLUSTALW软件进行了多序列比对（Zhong et al.，2009）。
Atanasova等（2013）对比了普通木霉菌株 T.reesei 与具有强生物防治效果的T.atroviride和T.virens在转录反应层次上的基因表达差异。在与植物病原真菌R.solani对峙培养时，三种木霉在与外来菌丝物理接触前已经表现出显著不同的转录反应。T.atroviride产生了一系列次生代谢产物，如GH16 β-葡聚糖酶、各种蛋白酶和小的富含半胱氨酸蛋白。T.virens主要表达胶霉毒素gliotoxin生物合成的相关基因、各自的前体以及胶霉毒素生物合成所必需的谷胱甘肽glutathione。与此相反，T.reesei增加了纤维素酶和半纤维素酶以及参与溶质转移部分基因的表达。在所有三种真菌的基因表达具有非随机基因组分布，表明通过染色质修饰调节的可能性。这种全基因组表达的研究表明，木霉菌根在初始的营养阶段已分化成几种可供选择的生态战略，从寄生到捕食和腐食性营养类型。首次以转录组学揭示了不同的木霉重寄生策略，揭示了木霉与其他真菌相互作用机制。