采样包括土壤和植株样品的采集。
由于我国南方地区果树可分布在水田、山地、丘陵、坝地、河滩等地，果园土壤呈现多样性，如果土壤采样方法不正确，则容易出现因土壤养分分布不均导致所采集的样品没能正确反映该地块的土壤养分，因此，为了使采集的果园土壤样品具有代表性和可比性，果园土壤要根据土壤采样原则结合种植地块的实际进行采样。
根据土壤类型、土地利用、耕作制度、产量水平等因素，将采样区域分为若干个采样单元，采集每个采样单元的土壤。①采样单元：由于南方果园土壤差异性较大，因此在采样前，必须根据采样要求，详细了解采样区域的种植地块、土壤类型、肥力等级、产量水平和地形地貌等因素，之后将采样区域划分为若干个采样单元，每个采样单元的土壤性状要尽可能均匀一致。采样集中在位于每个采样单元相对中心位置的典型地块（同一农户的地块），采样地块面积为1～2亩。
有条件的地区，可采用GPS定位，记录经、纬度，精确到0.1″。②采样时间：在水果作物果品采摘收获后至第一次施肥（有的地区称为采果肥）前采集，幼树及未挂果果园，应在清园扩穴施肥前采集。
③采样周期：同一采样单元，如果是检测无机氮及植株氮营养快速诊断，由于氮素营养在土壤或植株体内变化较快，因此最好是每个生长周期、每季或每年采集1次；如果是检测土壤有效磷、速效钾等项目的，由于磷、钾在土壤中变化没有氮素那么快，一般可以采取2～3年采集1次；由于中、微量元素在土壤中变化不快，因此如果是检测中、微量元素，一般可以采取3～5年采集1次。④采样深度：由于果树须根系发达，一般达到0～60厘米左右，为了正确反映果园土壤养分的代表性，果园土壤采样深度一般分为0～20厘米、20～40厘米两层分别采集。对于不同果树，采样深度可以不一样。属木质根的柑橘、梨、李等，由于根系扎得深，可分为3层取土样，第一层0～20厘米，第二层21～40厘米，第三层41～60厘米；若是肉质根水果（如猕猴桃等）根系分布浅，取第一层0～20厘米，第二层21～40厘米；对浅根系水果（如草莓）的采样深度更浅，取样深度0～20厘米即可。⑤采样点数：在每一个采样单元内，选取生长较为均匀的10株果树，在每株树体周围的东、南、西、北4个方向，以主干为中心圆点向外延伸到树冠边缘的2/3处采集，每株果树对角线采取2个样点。⑥采样路线：采样时应沿着一定的线路，按照“随机”、“等量”和“多点混合”的原则进行采样。一般采用S形布点采样。在地形变化小、地力较均匀、采样单元面积较小的情况下，也可采用“梅花”形布点取样。要避开路边、田埂、沟边、肥堆等特殊部位。平地果园可采用对角线方法，梯田或山地果园可采用S形或“梅花形”路线采样。⑦采样方法：每个采样点的取土深度及采样量应均匀一致，土样上层与下层的比例要相同。取样器应垂直于地面入土，深度相同。
用取土铲取样应先铲出一个耕层断面，再平行于断面取土。所有样品都应采用不锈钢取土器采样，特别是测定微量元素的样品，必须使用不锈钢取土器。⑧样品量：混和土样以取土1千克左右为宜，长期保存备用，可用四分法将多余的土壤弃去。方法是将采集的土壤样品放在盘子里或塑料布上，弄碎、混匀，铺成正方形，划对角线将土样分成4份，把对角的两份分别合并成一份，保留一份，弃去一份。如果所得的样品依然很多，可再用四分法处理，直至所需数量为止。
⑨样品标记：采集的土壤样品放入样品袋，用铅笔写好标签，内外各一张。采样标签要注明采样编号、采样时间、采样地点、农户名、地块名、地块所属位置、采样深度、经度和纬度、采样人和联系电话。