可以两个地方都报，但是不是重复的报，而是比如在合作医疗没报完，可以再报职工医保。
职工基本医疗保险制度是依法对职工的基本医疗权利给予保障的社会医疗保险制度，是通过法律、法规强制推行的，实行社会统筹医疗基金与个人医疗帐户相结合的基本模式，与养老、工伤、失业和生育保险一样，都属社会保险的一个基本险项。
2002年10月，中国明确提出各级政府要积极引导农民建立以大病统筹为主的新型农村合作医疗制度。2009年，中国作出深化医药卫生体制改革的重要战略部署，确立新农合作为农村基本医疗保障制度的地位。今日，国家卫计委、财政部印发关于做好2015年新型农村合作医疗工作的通知提出，各级财政对新农合的人均补助标准在2014年的基础上提高60元，达到380元。