流域内的自然保护区主要分布在中上游丘陵山地，中下游平原地区较少，各省、自治区、直辖市国家级和省级自然保护区具体分布如下表。
地区 自然保护区 地 点 面积(hm'2) 主要保护对象 保护区级别
上海 金山三岛海洋生态 金山区 45 海洋生态系及海岛中亚热带常绿阔叶落叶林 省级
江苏 雨花台 雨花台区 20 雨花台组砂砾石标准剖面 省级
光福 吴县市 61 北亚热带常绿落叶阔叶混交林 省级
宝华山 句容市 140 北亚热带常绿落叶阔叶混交林 省级
龙池 宜兴市 123 中亚热带常绿阔叶林 省级
浙江 龙王山 安吉县 1200 落叶阔叶林为主的森林植被 省级
安徽 皇甫山 滁州市 3552 北亚热带植被、鸟类 省级
扬子鳄 宣城地区 44300 扬子鳄及生境 国家级
古牛绛 石台、祁门县 14821 中亚热带常绿阔叶林及动物 国家级
江西 河蚌 南昌县 2283 三角河蚌、皱纹蚌 省级
庐山 九江县 30490 森林生态系统及自然历史遗迹 省级
鄱阳湖候鸟 永修县 22400 珍稀候乌及其越冬地 国家级
鄱阳湖鲤鲫鱼产卵场 永修县 35000 鲤、鲫鱼产卵场 省级
桃红岭梅花鹿 彭泽县 4500 南方梅花鹿等珍贵动物 省级
九连山 龙南县 4196 亚热带常绿阔叶林 省级
官山 宜丰县 2200 中亚热带常绿阔叶林和落叶林 省级
潦河大鲵 靖安县 l00 大鲵及其生境 省级
江西武夷山 铅山县 5300 亚热带针叶林、灌木草甸 省级
井冈山 井冈山市 15469 亚热带常绿阔叶原始林及动物 省级
河南 老君山 栾川县 2640 森林生态系统及珍稀动物 省级
龙池曼 嵩县 8161 过渡带森林生态系统 省级
石人山 香山县 1333 过渡带森林生态系统 省级
卢氏大鲵 卢氏县 l000 大鲵及其生境 省级
南召宝天曼 南召县 3147 过渡带森林生态系统、动植物 省级
西峡老界岭 西峡县 13111 森林生态系统及动植物资源 省级
西峡大鲍 西峡县 1000 大级及其生境 省级
内乡宝天曼 内乡县 5412 过渡带森林生态系统、动植物 国家级
太白顶 桐柏县 4924 水源涵养林、珍稀动植物 省级
鸡公山 信阳县 3000 森林生态系统、野生动物 国家级
湖 北 九宫山 通山县 4690 森林生态系统、珍稀植物种 省级
长江新螺江段白鳍豚 洪湖、蒲忻、嘉鱼 13500 白鳍豚 国家级
峡东地质剖面 宜昌县 360 震旦系地质剖面 省级
后河 五峰自治县 2067 珍贵树种供桐、香果树等 省级
星斗山 利川、咸丰、恩施 850 珍稀植物研桐、水杉等 省级
利川小河水杉 利川市 60000 水杉母树 市级
木林子 鹤峰县 2133 供桐、香果树等珍稀植物 省级
神农架* 房县、兴山、巴东 70467 森林生态系统、金丝猴等 国家级
长江天鹅洲白蹩豚 石首市 2000 白鳍豚 国家级
天鹅洲糜鹿 石首市 1567 麋鹿 省级
湖南 川阳大围山 │涧阳市 6290 森林生态系统 省级
炎陵县桃源洞 炎陵县 10000 天然次生林、候鸟迁息地 省级
南岳衡山 南岳区 8270 森林生态系统、珍稀动植物 省级
衡南江口乌洲 衡南县 200 乌类及栖息环境 省级
紫云万峰山 邵阳市 10667 银杉、长苞铁杉、资源冷杉群落 省级
武冈云山 武冈市 1302 森林、树木模式标本产地 省级
黄桑 绥宁县 25400 中亚热带森林演替群落 省级
新宁舜皇山 新宁县 12687 亚热带常绿阔叶林及珍稀植物 省级
东洞庭湖 岳阳市 190300 珍稀水禽、白暨豚及其生境 国家级
石门壶瓶山 石门县 40847 天然次生林、黑底红腹角雉 国家级
天子山 桑植县 3333 森林生态系统、沙岩峰林地貌 省级
索溪峪 慈利县 3931 森林生态系统、沙岩峰林地貌 省级
桑植八大公山 慈利县 20000 亚热带森林、拱桐、云豹、金钱豹、猕猴等 国家级
地区 自然保护区 地 点 面积(hm'2) 主要保护对象 保护区级别
湖南 东安舜皇山 东安县 10000 森林生态系统 省级
八面山 桂东县 4333 常绿阔叶林及华南虎、短尾猴 省级
干家洞 道县 5400 中亚热带南部亚地带植被类型 省级
九嶷山 宁远县 5667 斑竹等竹类生态系统 省级
大远源口 江永县 10733 天然次生林、福建柏、长苞铁杉 省级
阳明山 双牌县 2800 黄杉母树林及伴生植物 省级
永顺小溪 永顺县 11067 低海拔天然次生林 省级
龙山洛塔 龙山县 20 水杉及生境 省级
广西 海洋山水源林 全州、灌阳、恭城、灵川等 106700 水源林 省级
五福宝顶水源林 全州县 8567 水源林 省级
猫儿山 资源、兴安县 15300 水源涵养林及珍贵铁杉林 省级
重庆 缙云山 重庆市 1400 亚热带森林 省级
金佛山 南川市 939 珍贵树种银杉 省级
小南海 黔江 1500 地震遗迹 省级
四川 金花 荣县 49 桫椤及生境 省级
小寨子沟 北川县 6725 大熊猫及森林生态系统 省级
王郎 平武县 32297 大熊猫及森林生态系统 省级
唐家河 青川县 40000 大熊猫及森林生态系统 国家级
马边大风顶 马边 30000 大熊猫及森林生态系统 省级
通江诺水河 通江县 2700 河流生态系统 省级
喇叭河 天全县 23 872 大熊猫、羚牛等珍稀动物 省级
蜂桶寨 宝兴县 39039 大熊猫及森林生态系统 省级
卧龙* 汶川县 200000 大熊猫及森林生态系统 国家级
黄龙寺 松潘县 40000 大熊猫及森林生态系统 省级
九寨沟 九寨沟县 60000 大熊猫及森林生态系统 省级
白河 九和沟县 20000 金丝猴等珍稀动物 省级
美姑大风顶 美姑县 21864 大熊猫及森林生态系统 省级
鞍子河 崇州市 11000 大熊猫及森林生态系统 省级
龙溪虹口 都江堰市 34000 亚热带山地森林生态系统 省级
贵州 赤水桫椤 赤水市 13300 桫椤群落、小黄花茶等 │ 国家级
梵净山* 江口、印江、松桃 41900 森林生态系统、黔金丝猴、珙桐 国家级
草海 威宁 12000 高原湿地生态系统、黑颈鹤等 国家级
雷公山 黔东南 47300 中亚热带森林及秃杉等 省级
云南 滇池 昆明市 292000 高原湖泊、名胜古迹 省级
梅树村 晋宁县 580 中国震旦——寒武系界线层剖面 省级
松花坝 嵩明县 63000 水源林及饮用水源 省级
普渡河 禄劝 11 苏铁群落 省级
药山 巧家县 10215 高山水源林及中药材 省级
三江口 水善县 680 原始阔叶林及珍贵树种峨眉栲 省级
海子坪 彝良县 22782 天然楠竹及罗汉竹、天麻 省级
驾车 会泽县 8282 天然华山松林 省级
鸡足山 宾川县 10760 森林、佛教古迹 省级
玉龙雪山 丽江 25996 高山森林、珍稀野生动物 省级
泸沽湖 宁蒗 8133 高原湖泊、高山森林及水禽 省级
哈巴雪山 中甸县 21908 高山森林生态系统及滇金丝猴 省级
纳帕海 中甸县 2400 黑颈鹤等栖息地 省级
碧塔海 中甸县 14181 高山针叶林、高原湖泊及动物 省级
白马雪山 德钦县 190144 高山针叶林、滇金丝猴 国家级
陕西 洋县朱鹮 洋县 22968 朱鹮 省级
佛坪 佛坪县 29240 大熊猫及自然生态系统 国家级
牛背梁 柞水县 16418 羚牛及生境 国家级
甘肃 白水江 文县、武都县 213750 大熊猫、金丝猴、羚牛及森林 国家级
斗二三滩 陇南地区 31930 羚牛、红腹锦鸡等珍稀动物及山地森林生态系统 省级
黑河 两当县 3495 红桦林及生态系统 省级
香山 礼县 11330 森林及野生动物 省级
尖山 文县 10040 大熊猫、蓝马鸡、羚牛等动物 省级
青海 隆宝 玉树县 5000 黑颈鹤等水禽及栖息地 国家级
*为联合国人与生物圈保护区间。 注：根据国家环保局1994年10月统计资料。
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