我是生物技术专业的今年刚考了中科院。你这问题和我去年遇到的一模一样，所以我说下我了解的吧，希望能帮助到你。
主要是看你自己对科研的兴趣，要从哪个角度，比如分子或者偏应用一点，去研究。科院那边大都是从分子角度，而协和可能会有一些应用层面的。（这个我没有真正了解过，建议你可以去目标学校的网站查阅一下各自研究方向）
另外，我觉得中科院比较容易考一些。首先，因为你的专业肯定会接触生化分子和细胞，在考试科目上比较容易把握。而协和可能会涉及一些医学分子生物学之类偏医学的东西，和之前所学侧重不一，在复习中需要自己体会。另外，由于中科院大多是以所为单位招生、全国统一命题，一个所招收人数至少也会在一二十个以上；而协和会具体到专业、导师，考题和考生不确定性也比较大。当然也不是绝对的，可能中科院的题会特别细，有的会比较深；反正这两个院所 只要自己努力 考上不会有问题。
我本来想考协和，而且个人觉得协和在制药会比较有针对性，可能利于将来的发展；最后是一个要好的师姐考了科院，我就跟着她走了，呵呵。不过走过这一程，我觉得其实考研并不难，只要战线短一点（我自己真正复习时间从9月下旬开始）、坚定一点，就会取得比较好的成绩。你找一找考上的师兄师姐，面对面的经验和鼓励很重要的。
另一方面，中科院一般是硕博连读，保送的比较多，考进去一般是轮换再选择导师，所以导师不一定，你也未必会遇到最牛的导师。导师不合适，其实也是对自己的耽误。不过你可以提前联系一下导师，但我不建议，我觉得这个分心还给自己压力；当然你也可以考专业硕士，可能一般会考数学吧，看你自己的选择了。
另外我不是个很坚定要做科研的人，所以也放弃了这条路；发挥一般分数一般368分，其实还是有点可惜，但准备考试的时候千万不要又犹豫，一旦决定就全力以赴；说实话我挺后悔没有报考协和的，但说不一定结果就不一样了 呵呵~你还有什么问题的话可以从百度账号联系我，我会尽力提供信息的~加油！
祝你成功~
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